2008年08月19日

奈良先端科学技術大学院大学でCytoscapeに関する公開セミナーを行ないます

来月初旬、奈良先端科学技術大学院大学にて、公開セミナーを開催していただけることになりましたので告知いたします。公開セミナーですので、近隣にお住いの方で、こういったソフトの利用に関心のある方はぜひご参加下さい。

我々も、一アプリケーションから、様々なものへ利用できるプラットフォームヘの移行時期にありますので、コラボレーションや実際に使っておられる方からの機能リクエスト、ディスカッションなども大歓迎です。

よろしくお願いいたします。




奈良先端科学技術大学院大学にて9月8日にGCOEセミナー「Cytoscape: 生物学的ネットワーク解析と可視化のためのオープンソースプラットフォーム」を開催いたします。

事前申込は必要ありません。
ご興味のある方はご参加ください。

【公開セミナー】

「Cytoscape: 生物学的ネットワーク解析と可視化のためのオープンソースプラットフォーム」

講師 : 大野圭一朗 氏

日時 : 9月8日 13:30 - 15:00

場所 : 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究棟 1階L1教室

(近鉄けいはんな線「学研北生駒駅」下車、徒歩20分)

http://www.naist.jp/accessmap/index_j.html


本セミナーでは、PPI (Protein-Protein Interaction)やパスウェイと言った、生体内での分子間相互作用を記述した新しい形式のデータを、 タンパク質などに対する既存のアノテーションや、マイクロアレイなどの実験データと統合して扱う総合プラットフォーム「Cytoscape」の歴史、基本的な機能を用いたデータ統合・解析・可視化の流れに加え、生物学研究における使用例等も交えて、幾つかのプラグイン(必要な機能をユーザが独自に拡張できる仕組み)をコア・ディベロッパーの大野圭一朗 氏に紹介して頂きます。


幅広い領域の研究者、学生の皆様のご参加をお持ちしております。

posted by 大野圭一朗 at 02:43| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年07月24日

ISMB 2008 Visual Reflections On Science

ISMB 2008で行なわれたVisual Reflections On Scienceというイベントに、私がCytoscapeで作ったヒトのインタラクトームのイメージが展示されています。

リンクが壊れているようなので、右クリックでダウンロードするとフルサイズの画像が見られます。

http://www.iscb.org/ismb2008/vrsimages.php
http://www.iscb.org/ismb2008/ismb2008_includes/images/vrs/3226_vrs_arc.jpg
posted by 大野圭一朗 at 04:55| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年07月22日

Cytoscape Retreat 2008 in Toronto無事終了しました

Cytoscape Retreat 2008は無事終了しました。後ほど詳しいレポートを書きますが、今回は日本から参加してくださった方も居て、有意義な四日間を過ごす事が出来ました。

Cytoscape 3への道のりはなかなか険しそうですが、私は、今後はほぼフルタイムで3の開発に入ります。比較的新しい技術を用いて構築しようとしているため、私自身も勉強の毎日ですが、Cytoscapeと言うアプリケーションで完結するのではなく、他の様々なプロジェクトと協力、流用可能なものを目指しますので、ご期待ください。
posted by 大野圭一朗 at 15:34| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年07月17日

ICSB 2008での発表

今年のICSB 2008では、Cytoscapeのブースが設けられますので、興味がある方は立ち寄ってみてください。

http://www.icsb-2008.org/
posted by 大野圭一朗 at 22:24| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年07月11日

Cytoscape RetreatとISMB 2008

Cytoscape Retreatは来週から始まりますが、まだ若干席が残っていますので、一部だけでも参加してみたい方は、以下のリンクからご登録下さい。

http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/CytoscapeRetreat2008

先の記事にも書きましたが、ISMB本体でも、ワークショップとユーザーミーティングがありますので、是非ご参加下さい。そして、これらに関連して、BioPAXのミーティングもありますので、Pathway情報の相互利用に興味のがある方はこちらもどうぞ。


http://www.iscb.org/ismb2008/bof.php

Monday, July 21
Sharing Biological Pathway Information (e.g. BioPAX)

Leader: Gary Bader


Monday, July 21 - 12:45 p.m. - 2:00 p.m.

Room: 718B


Description: This BOF is aimed at pathway data providers and users for discussion about sharing biological pathway

information. Discussion will include the BioPAX (www.biopax.org) pathway exchange format, pathway data registries and author data entry systems.

posted by 大野圭一朗 at 02:41| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
×

この広告は1年以上新しい記事の投稿がないブログに表示されております。