2009年03月11日

Google Summer of Code 2009

すっかり更新が滞っていましたが、Cytoscape自体は相変わらず開発が進んでおります。

さて、今年もGoogle Summer of Codeの季節がやって来ました。まだ正式決定ではありませんが、我々もまた参加すべくGoogleの方に書類を提出した所です。

審査を無事通過出来る事を祈りつつ、学生の皆さんでバイオインフォマティクス系の開発に興味のある方は、以下のリストなども参考にして、面白いプロジェクト案を考えてみてください。

http://socrates2.cgl.ucsf.edu/trac/GenMAPP/wiki/Google_Summer_of_Code_2009
タグ:open source GSoC
posted by 大野圭一朗 at 16:28| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年10月29日

奈良でのプレゼンテーションの動画

非常に遅くなってしまいましたが、奈良先端科学技術大学院大学にて私がCytoscapeについて紹介させてもらった時の動画を、大学院生の西田さんが公開してくれましたので、Cytoscapeが現状ではどんな事が出来るのか一通り眺めてみたい方はご覧ください:

http://video.google.com/videoplay?docid=1484368002227014449
タグ:cytoscape
posted by 大野圭一朗 at 14:48| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(1) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Google Summer of Code 2008 Mentor Summitに参加してきました

google1.jpg google2.jpg google3.jpg

Google Summer of Codeは今年も無事終了し、参加してくれた学生さんの全員が一応の目標を達成する事が出来ました(具体的成果についてはまた後ほど詳しく書かせていただきます)。今回は、先週末にGoogle本社で行われた、オープンソースプロジェクトのメンター(指導者)会議に、私もグループの代表として参加してきました。これは、LinuxやFirefoxといった有名なプロジェクトから、我々のように比較的小規模なプロジェクトまで、世界中のオープンソース開発者が一同に会し、様々なトピックについて自由に意見交換を行うもので、シリコンバレーにあるGoogle本社にて毎年行われています。

基本的にテーマは決まっておらず、参加社が初日に話し合いたいトピックを出し合い、あとは小規模なグループに分かれてディスカッションをする、と言う形式になっています。Googleのエンジニアも幾つか講演者としてセッションを持ち、今年はAndroidチームのRomain Guy氏などがAndroid向けアプリの開発について説明したりしていました。

私は、サイエンティフィック・コンピューティング系の開発者が集まるセッションや、Wiki開発者などによるディスカッション、複数のプログラミング言語を混在させるスタイルの開発に関するセッションなどに参加してきました。ライフサイエンス系のアプリに関わっている人間は殆ど参加していなかったので、割と一般的な話になってしまうのですが、GPUを使った計算C言語のネイティブコードとその他の言語のより便利な連携など、将来的に使ってみたいネタは幾つか仕入れる事が出来ました。

参加者には、日本人はおろか、アジア人そのものが殆ど居ないと言ったお寒い状況でしたが、数少ない日本人参加者の方ともお話しする事が出来て、来年はもっと日本からの参加者を増やせるように協力できる所は協力して行こう、と言う事になりました。開催時期的な問題や、言葉の問題、メンターの確保など、色々と難しいハードルは多いですが、無事プロジェクトに成功した学生さんをシリコンバレーに連れて行ってあげるなど、色々と参加する方のモチベーションをあげるような事も考えて行きたいと思います。
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2008年09月27日

Cytoscape + Ruby, Python, JavaScript and Groovy


Cytoscapeでは、今後Javaによるプラグイン開発以外にも、スクリプト言語による自動化やプラグイン開発をサポートする予定です。現段階でも、以下のスクリプト言語をサポートしています:

  • Ruby
  • Python
  • JavaScript
  • Groovy

Cytoscape 2.6.1用のプラグインとしていずれも公開していますので、ちょっとした作業の自動化などに使ってみたいと言う方は、ぜひお試しください。以下のサイトにてサンプルなどを公開しています:


Rubyのプラグインには、予めBioRubyも組み込んでありますので、すぐにKEGG API等をCytoscapeのAPIと組み合わせてご利用いただけます。
posted by 大野圭一朗 at 07:57| サンディエゴ 🌁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年09月20日

Cytoscape 2.6.1リリース

Cytoscape2.6.1をリリースしました。2.6の安定板ですので、全てのユーザーの方にアップグレードを推奨します。


posted by 大野圭一朗 at 05:58| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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