2007年06月25日

日本語ドキュメントのページ(CyDoc)

cydoc1.png

日本語ドキュメント整備プロジェクトのページを少しだけリニューアルしました。
これから新バージョン用に、英語版と平行して更新する予定です。
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2007年06月19日

Cytoscape 2.5で作ったイメージの例1

fittedGal.png

2.5を使うと、どんな感じの描画ができるか、いくつか例を挙げていこうと思います。

上の図は、サンプルに入っているgalFiletred.sifと言うネットワークファイルにGOからのアノテーションをインポート、それをもとに色づけなどを行ったもの。ノードのサイズは自動的にラベルにフィットさせてあります。
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2007年06月16日

2.5の新機能:新しいユーザーインターフェース

ui1.jpgui2.jpgui3.jpg

2.5から、かなりユーザーインターフェースが変わります。主にVizMapperとFilterですが、ここではVizMapperの方を紹介します。

VizMapperとは、見た目をアトリビュート(アノテーション)などに基づいてマッピングするCytoscapeの中心的機能の一つですが、若干分かりにくい部分もあったため、ユーザーインターフェースを作りなおしました。メインパネルで全体の状態の俯瞰と、Discrete Mappingの編集、デフォルト
エディターで基本的な見た目の加工、そしてContinuous Editorで、連続的な値のマッピングを行えるようになっています。

基本的に、出来るだけ直感的に操作できるようにデザインしましたが、どうしても機能が集中する部分なので、メニューなど分かり辛い点はチュートリアルやマニュアルで説明します。
posted by 大野圭一朗 at 19:10| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2.5の新機能:ラベルへノードサイズを自動的にフィット

labelAdjust1.jpg

一つ一つノードのサイズをラベルの長さに合わせたり、色を一つ一つ決めていくのは結構めんどくさいものがあります。そこで、そう言った作業をある程度自動的に行えるユーティリティーを付けました。

具体的には、

  • 色の設定(自動的にアトリビュートの数だけ異なった色を生成して割り当て、もしくはランダムな色の生成)
  • 数値の設定(乱数、もしくはシリーズ)
  • ラベルからノードの最適サイズを計算

と言ったものです。これらはDiscrete Mappingに使えます。上の例は、ラベルにノードの幅をフィットさせ、GO Biological Processの各タームにユニークな色を割り振ったものです。
posted by 大野圭一朗 at 18:51| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2.5の新機能:透明度

opacity.jpg

来月リリースの2.5では、以前から希望が多かった透明度の調整に対応しました。ノード、エッジの色のみではなく、ラベル、ボーダーラインなど、全ての色について別々に調整可能です。

インタラクトームなどの巨大なネットワークをインタラクティブにブラウズする時、ノードやエッジが密に集まっている部分は非常に見にくかったのですが、透明度をうまく使うことにより、ある程度は見やすくすることが可能です。

これは若干重い処理でもあるので、出来れば最近のマシンを使った方が快適だと思います。
posted by 大野圭一朗 at 18:18| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Shortest Pathプラグイン

shortest1.jpg

ShortestPathプラグインが、Cytoscapeのバージョンアップに伴い壊れていたので、とりあえず直しておきました。簡単な機能ですが、あった方が便利だと思うので。こちらからダウンロードできます。

上の画像は、2.5で動作させた結果です。エッジもきちんと選択されるように修正しておきました。
posted by 大野圭一朗 at 17:49| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年06月06日

Cytoscape2.5での新しいUIの概要

export1.png
Cytoscape2.5では、一部のUIが大幅に変更されますが、その一つであるVizMapper(ネットワークの見た目を、アトリビュート等に基づいて変更する機能)に関して、簡単な機能紹介のスライドを用意しました。私が職場のラボでのプレゼンテーション用に作ったものなので、文章による説明がほとんどありませんが、何となくどんなUIになるかは想像していただけると思います。こちらからダウンロードしてください(PDFです)。
ラベル:java cytoscape バイオ
posted by 大野圭一朗 at 05:17| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年05月19日

Cytoscape2.5の進行状況

cs25b.png

次期バージョンのCytoscape 2.5ですが、そろそろテストに入れる予定です。
ユーザーインターフェイスが大幅に変更になるので、それにあわせてチュートリアルなどの
ドキュメントも改訂する予定です。それが終った後、日本語のドキュメントもアップデート
しますので、もう暫くお待ち下さい。
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2007年05月02日

Cytoscape 2.4.1をリリースしました

いくつかのバグフィックスを行なったCytoscape2.4.1をリリースしました。
機能的な変化は特にありませんが、cPathプラグイン等での問題を修正してあります。
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2007年04月12日

Google Summer of Code 2007に採用されたプロジェクト

Google Summer of Code 2007ですが、最終的に4つの採用枠をGoogleの方から頂きました(FreeBSDの様な巨大プロジェクトになると20以上も枠があったりしますが)。結局、GenMAPP中心のプロジェクトが2つ、Cytoscape中心のプロジェクト2つと言う形でうまく落ち着きました。グループ内で相談した結果、最終的に残ったプロジェクトは以下の4つです。

  • Enhanced search strategy in Cytoscape
  • Visual history of pathway modifications
  • Pathway Editor for WikiPathways.org  
  • Graph layout library for GenMapp

最初と最後のプロジェクトがCytoscape中心のプロジェクトで、前者は目的のノードを検索するための効率をあげるプロジェクト、後者は、生物学的な意味(具体的には読みこまれたアトリビュート)を力に置き換えて、うまくレイアウトを行なうためのアルゴリズム開発、と言った感じになっています。残念ながら日本からのものは採用されませんでしたが、Cytoscapeそのものはオープンソースプロジェクトなので、何か有用なプラグインなどを開発されましたらぜひお知らせ下さい。随時サイトの方で公開させて頂きますので。
posted by 大野圭一朗 at 02:38| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年03月29日

Google Summer of Code 2007 応募ありがとうございました

GenMAPP/CytoscapebのGoogle Summer of Codeには、結局30件ほどの応募がありました(日本からも数件ありました)。これから、Mentorがこの中から数件のプロジェクトを選び、最終的にGoogleと受け入れる人数を決定します。

全体の1、2割程度しか受けいれられないのが心苦しいのですが、興味を持って下さった方、どうもありがとうございました。
posted by 大野圭一朗 at 05:26| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年03月22日

Google Summer of Code 2007

現在、Cytoscapeとの統合を進めているGenMAPPプロジェクトが、Google Summer of Codeに参加する事になりました。これは、Googleがスポンサーとなり、オープンソースプロジェクトに関わるスタッフが学生を指導すると言う方法で、夏の数ヶ月の間に集中して何らかのプロジェクトをやり遂げると言うものです。学生であればどの国の人でも参加できます。

システム生物学や、それに関連するオープンソースプロジェクトに関心のある学生の方はぜひ挑戦してみてください。

詳しくは以下のページをご覧ください:

http://conklinwolf.ucsf.edu/genmappwiki/Google_Summer_of_Code_2007
http://code.google.com/soc/genmapp/about.html
posted by 大野圭一朗 at 14:53| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年03月20日

Cytoscape 2.5のVizMapperユーザーインターフェース

vsmock_full2.png

Cytoscape2.5の画面はだいたいこんな感じになる予定です。
今、視覚上の情報(ノードの色、形など)が何と結びついているかが分りやすいようにするのが目標ですので、「こうすればもっと分りやすいんじゃない?」といったようなコメントなどありましたらぜひお知らせ下さい。
posted by 大野圭一朗 at 10:30| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年03月11日

eXpandaプロジェクトと相互リンクしました。

eXpandaプロジェクトのページと相互リンクしました。

http://medcd.iab.keio.ac.jp/expanda/links.html
http://www.cytoscape.org/links.php
http://cydoc.sourceforge.jp/cydocwiki/

どちらもうまく使っていただくことにより、作業効率を上げる事が可能だと思うので、ぜひご利用下さい。
posted by 大野圭一朗 at 12:02| サンディエゴ 🌁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年03月10日

eXpandaとCytoscapeの連携



CytoscapeはJavaで書かれたソフトで、プラグインを自作して解析や一括処理を行ないたい場合は、Javaでプログラミングをしなくてはなりません。Javaは非常に大規模な開発を行なう事の出来る強力な言語ですが、ちょっとしたことを行ないたいときにはオーバースペックな場合も多いです。一方、Perlに代表されるスクリプト言語は、ちょっとしたプログラムをさっと書きたいときにはとても便利です。

ここで紹介するeXpandaは、Perlで書かれたネットワーク解析と可視化のライブラリです。SIF、GMLと言ったCytoscapeでサポートされているファイルフォーマットを入出力できるので、これを利用して一括処理を行なうスクリプトを簡単に書いたりすることが可能です。様々なデータベースもサポートしているので、eXpandaでデータの一括取得・各種解析処理・SIF化、その後Cytoscapeでインタラクティブな処理と言ったような事も出来ます。

「Perlなら使ってるけどJavaはちょっと・・・」と言う方には非常に便利だと思います。(特に生物学の世界では古くからPerlが広く使われているので。)
posted by 大野圭一朗 at 03:01| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年03月07日

Cytoscape 2.5のプレビュー



ちょっと気が早いですが、現在コア開発者チームは、バージョン2.5の設計やプロトタイピングを行なっています。2.5では、使いやすさの向上をめざしてVisual Mappingのユーザーインターフェースを全面的に書き直しています。ユーザーが直接触る可視化のための中心的機能ですが、けっこう使いにくいと言う意見が多かったもので。

今のところ、上のスクリーンショットのような感じになる予定ですが、基本的に「出来るだけ説明書を見なくても分る操作性」をめざしています。詳しくはここで。

何かアイデアやコメントがあればぜひお知らせ下さい。事実上、この部分の設計からコーディングまでほとんど私一人でやっているので、日本語で私に連絡下されば、良いアイデアはそのまま採用させていただきます。ほかにも、2.5で予定されている変更について何かコメントがありましたらぜひ私の方までお知らせ下さい。他の開発者に伝えますので。
posted by 大野圭一朗 at 08:40| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Bio Wikiに紹介ページを設置させていただきました。

株式会社シンプラス様の運営されているBio Wikiに、Cytoscapeの紹介ページを置かせていただきました。いくつか新しいスクリーンショットもあるので、一度ご覧下さい。
posted by 大野圭一朗 at 02:16| サンディエゴ ☁| Comment(2) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年03月03日

雑誌Forbesに紹介されました

3月12日号(今週号)の雑誌Forbes72ページに、Friendster for Proteinと言う記事が掲載されましたが、そこに使われている図はCytoscaeで作成されたものです。私のボスのコメントなどと共に創薬関係の話題が書かれている短い記事ですが、もし雑誌を読むことが出来ましたら、ぜひこの記事もご覧ください(オンライン版では図や写真が見られないので)。
posted by 大野圭一朗 at 10:58| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年02月23日

Cerebralプラグインがリリースされました

cereb.png

Cerebralプラグインは、Cytoscapeを使って描画されたネットワークに細胞内の場所などをアトリビュートとして付加することにより、それに基づいたレイアウトを行なうことが可能なプラグインです。アトリビュートを追加しなくてはならない手間はありますが、それさえ読みこませれば、自動的にその情報に基づくレイアウトを行なえるので便利だと思います。

ダウンロードはプロジェクトのホームページからどうぞ。
posted by 大野圭一朗 at 07:42| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年02月13日

MCODE1.2がリリースされました

mcode_full.png

MCODEは、Cytoscape用のクラスター検索のためのプラグインです。基本的に、Cytoscapeはコア内にネットワーク解析のための機能は実装せず、こういったプラグインで解析に関する機能を加えて行く、と言うアプローチを取っています。各種解析プラグインの中でも、これは計算機・生物学どちらの分野の方にも分りやすいと思います。ダウンロードはこちらから。動作原理などが解説された論文もこちらからお読みになれます。

今回リリースされた1.2では、ユーザーインターフェースなども改良されて、より使いやすくなっています。
posted by 大野圭一朗 at 06:06| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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