2007年10月19日

オープンバイオ研究会にお越しいただきありがとうございました

第7回オープンバイオ研究会は、皆さんのおかげで大成功に終わりました。

会を実現させてくださった片山さん、荒川さんをはじめ、会場を提供してくださったアップル社様、興味深い発表をしてくださった他の発表者の方々、会場にお越しいただいた方々、ストリーミングをご覧になられた方々、どうもありがとうございました。

懇親会でも色々面白いお話を聞かせていただき、刺激を受けました。
せっかく私もアメリカへのコネがあるので、これを機に日本のこういった活動を海外のコミュニティーにも紹介して行きたいです。

また、スライドの方は後ほどアップロードしますので、もうしばらくお待ちください。
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2007年10月17日

本日オープンバイオ研究会が開催されます

本日、アップルストア銀座にて第七回オープンバイオ研究会が開催されます。
お時間のある方はぜひご参加ください。
ラベル:bioinformatics
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2007年10月03日

プラグインのページをリニューアルしました。

プラグインのページをリニューアルしました。自作のプラグインを投稿できるページも用意しましたので、公開可能なプラグインをお持ちの方は、ぜひここで公開して下さい。投稿されたプラグインは、2.5に追加されたプラグインマネージャーを通じて、全てのCytoscapeユーザーが簡単にインストール出来るようになります。

また、英語版ですが、プラグインマネージャーに対応したプラグインの書き方のチュートリアルもありますので、ご一読下さい。
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2007年10月02日

第7回オープンバイオ研究会詳細

第7回オープンバイオ研究会の詳細が決定しました。詳しくはこちらのページをご覧下さい。

http://open-bio.jp/?meeting7-abstract

10月17日の16:00から18:00、アップルストア銀座の三階にあるシアタースペースでの発表になります。特に予約などの必要は無く、無料でどなたでも参加して頂けます。ぜひご参加下さい。

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2007年09月15日

第7回オープンバイオ研究会@アップルストア銀座のお知らせ

第7回オープンバイオ研究会の詳細が決定しましたのでお知らせします。アップル社様が場所を提供して下さる事になりましたので、銀座のアップルストアでの講演になります。


今のところ、Cytoscape, E-Cell 3D, expandaなどのプレゼンテーションが予定されています。今回はビジュアライゼーション特集と言うことで、生物学的データの可視化などに興味のある方はぜひご参加下さい。また、一般公開の研究会と言う点と時間が限られている都合上、発表の内容は初歩的なところに絞られるかもしれませんが、懇親会では、私に直接質問、要望、苦情など何でも受けつけますので。

詳細はこちらの方で順次アップデートされる予定です。
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2007年09月06日

第7回オープンバイオ研究会に参加します

日本のオープンバイオ系プロジェクトの研究会であるオープンバイオ研究会の第7回ミーティングが、来月中頃をめどに開催される予定です。今回はそこに参加させて頂く事になりました。まだ詳しい内容は決まっていませんが、追って報告したいと思います。

ユーザー向け、ディベロッパー向け両方の話が出来たらと思っていますので、時間の都合のつく方は是非参加してみてください。
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2007年08月25日

Biomartの統合

現在、様々な公共データベースが、アクセスの手段としてWebサービスAPIを公開しています。2.6ではWebサービスのクライアントプラグインを管理する機能を付けますので、簡単なユーザーインターフェースを書く事により、あらゆる種類のアノテーションにCytoscapeから直接アクセス出来るようになります。

まずは一例として、Biomartのインターフェイスを作成し、提供されているサービスにはほぼ全部アクセスできるようにしたいと思います。これにより可能になることは、

  • IDの相互変換
  • オーソログ、パラログなどの抽出
  • 各種アノテーションの自動インポート

などです。Biomartのページで色々試していただければ、どんな機能があるのか理解しやすいと思います。

因に現在でも、フィルターとタブ区切り出力の機能をあわせることによりBiomartからのアノテーションをインポートすることは可能です。以下を参照して下さい。

http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/GeneNameMapping
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今後のロードマップ

2.5をリリースした後、色々と開発者の間で話し合って来ました結果、凡その今後のロードマップが決定しました。Cytoscapeは、2.6を年末までにリリースした後は、だいたい一年のスケジュールでバージョン3にメジャーアップデートすることになりました。それぞれのアップデートの内容は、

2.6
  • Web Service Client Manager - 各種Web Serviceに接続するためのクライアントを登載。使用例の一つとして、NCBIBiomartを手軽に利用できるGUIを実装。(この部分は私がやります)
  • 解析機能を集約したプラグインの作成。これはNetwork Analyzer等の外部の方達と協力して行ないます。
  • 動的なフィルター。GUIの変更に追従して選択が行なわれるようになります。
  • レイヤーのサポート。バックグラウンドなどに、オブジェクトを配置したり出来るようになります。Photoshop等のレイヤーに近い感じです。
  • 現在ある機能のブラッシュアップ。
  • 実験的なスクリプトのサポート。

3.0
  • 全体の構造の大幅な見直し。恐らくOSGIモデル(Eclipse等に利用されています)を採用する事になると思います。
  • 並列処理のサポート。マルチコアマシンも安くなったので、それを充分に活かせるようなデザインへの変更。
  • APIの見直し。必要以上に露出している部分があるので、それを隠蔽。出来るだけ(プラグインやスクリプトを書く人にとって)使いやすいものにする。
  • スクリプト言語の正式サポート。Python、Ruby、JavaScript等は標準でサポート予定。

だいたいこんな感じです。2.6は機能を絞って、比較的小さめのリリースになると思います。3では大幅な変更が行なわれるため、一部のプラグインでは後方互換性が失われる可能性があります。したがって、暫くは2、3が共存すると思います。
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2007年07月25日

Rubyなどのスクリプト言語のサポート

まだ2.5が出たばかりですが、開発チームでは2.6の計画も始めています。
2.6では、Cytoscapeから、Python, Rubyと言ったスクリプト言語を直に実行できるようにする予定です。これは、JVM上で走るスクリプト言語エンジン(jrubyなど)を利用することで実現されます。現在は私がrubyを使って実験していますが、概ねうまくCytoscapeの機能を呼び出せるようです。例えば、rubyからネットワークを読み込ませる場合、
fileName = "ネットワークファイル名"
Cytoscape.createNetworkFromFile fileName
と言った感じで、javaのプログラマの方にもrubyのプログラマの方にも違和感無く使っていただけると思います。biorubybiopythonの機能と、Cytoscapeの描画機能などを、いちいちプラグインのjarファイルを作らなくても簡単に融合して使えるようになると思います。
posted by 大野圭一朗 at 08:13| サンディエゴ ☀| Comment(2) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年07月24日

Cytoscape 2.5をリリースしました

logo3..jpg

かなり遅れましたが、正式版の2.5をリリースしました。今回のリリースでの主な新機能は、

  • 新しいVizMapper(属性を視覚効果にマッピングする機能)のためのユーザーインターフェース
  • 新しいフィルターのUI
  • プラグイン管理機能
  • 透明度のサポート
  • ノードを積み重ねてまとめる機能(node stacking)
    • これが
      stack1.png
      こうなったり
      stack2.png
      こんなふうにレイアウト出来る
      stack3.png
  • レイアウトアルゴリズムに対するパラメーターの設定
  • グループのサポート(これはプラグインを書く方向けの機能です)

こんな感じになっています。不具合などの報告があれば引き続き修正して行きますので、何かあればここのコメントにでも書いてください。
posted by 大野圭一朗 at 08:26| サンディエゴ ☁| Comment(2) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年07月14日

遺伝子名のシソーラス



文科省が行なっている、ライフサイエンスデータベース統合プロジェクトと言うものがあり、その成果物の一つとして、遺伝子名のシソーラスがあります。これはナラプロ・テクノロジーズ株式会社の方々がプロジェクトの一環として作られたものなのですが、私からお願いしたところ、わざわざCytoscapeで使いやすいファイルを作って下さいました。ナラプロの皆様、ありがとうございました。まだ英語版ですが、ここにチュートリアルを用意しました。

遺伝子名は、データベース、もしくは研究機関等によって様々なものが使用されており、ドライな解析を行なう方々には結構頭の痛い問題だと思うのですが、こういったシソーラスを使う事によりある程度解決できます。チュートリアルの例では、EntrezGeneのIDがノード名として使われているネットワークをシソーラスを使ってアノテートし、更にそのアノテーションの情報を使ってGOのGene Associationファイルの情報を取りこむ、と言うことをやっています。
posted by 大野圭一朗 at 12:10| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Cytoscape 2.5 Beta 4

logo3..jpg

Cytoscape 2.5の新しいベータ版を公開しました。こちらからダウンロードできます。この次には正式版になると思いますので、もう暫くお待ち下さい。
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2007年07月07日

Cytoscape 2.5 Beta

logo3..jpg


Cytoscape2.5のベータテストを始めました。ここからダウンロードできます。
まだまだバグがありますが、目下修正中ですので、不具合があればぜひレポートしてください。英語の方のバグトラッカーに書いていただいても、ここのコメント欄に日本語で書いていただいてもOKです。
posted by 大野圭一朗 at 16:15| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年07月04日

BioResource Newsletterにて紹介していただきました。

少々前のことになりますが、国立遺伝学研究所・生物遺伝資源情報総合センターのBioResource Newsletterにて、Cytoscapeを紹介していただきました。
こちらからオンラインで読めます。
ラベル:java bioinformatics
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2007年07月02日

Ruby on Cytoscape

rucy1.png

最近、jrubyと言う、JVMの上で走るrubyの実行環境がversion1.0としてリリースされました。これを使って、Cytoscapeからrubyスクリプトを読み込んで実行するプラグインを先ほど何となく作ってみました。ほんとにまだ読み込んで実行するだけ、と言った感じなんですが、需要があればきちんと書いて公開したいと思います。スクリプトからJavaのオブジェクトを使える機能はなかなか面白いです。

根本的に私がRubyをよく(全く?)分かっていないので、これから勉強しなきゃいけないんですが、「このディレクトリにあるネットワークファイルを全部読み込んで、指定したレイアウトを行った後、名前を自動的に変更する」みたいなよくある処理を書くのには、スクリプトの方が便利かな、と思います。

Perlは知ってる人向けにいいrubyの本があったら教えてください(笑)
posted by 大野圭一朗 at 17:55| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年07月01日

日本語チュートリアルを更新しました

tutorial1.png

日本語チュートリアルのページを、とりあえずインストールしてネットワークをロード、レイアウトするところまでアップしました。非常に基本的な部分ですが、わかりにくいところがあればご指摘ください。
posted by 大野圭一朗 at 19:29| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年06月30日

Cytoscape Retreat 2007 in Amsterdam




11月の6日から9日まで、今まで米国で開催していたCytoscape Retreat(開発者と各研究機関のPI、ユーザーなどが集まるシンポジウム+開発者会議のようなものです)を、今年はオランダのアムステルダムで開催することになりました。今年は、ISBLeroy Hood(DNAシーケンサーを作った方です。京都賞を授賞したので知っている方も多いと思います)がキーノートスピーカーを承けてくれましたので、興味(と時間?)のある方は参加してみて下さい。
posted by 大野圭一朗 at 01:41| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年06月29日

スクリーンショットをアップデートしました。



日本語ドキュメントのサイトで、スクリーンショットのページをアップデートしました。全ての画像は2.5で作りました。まだ完全ではないですが、基本的なユーザーインターフェースがどんな感じか分かっていただけると思います。
posted by 大野圭一朗 at 17:14| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年06月27日

サンプル画像をアップデートしました




2.5用にマニュアルをアップデートしているのですが、とりあえずサンプル画像をいくつかアップしておきました。正式なギャラリーページが出来るまでとりあえずここで。
posted by 大野圭一朗 at 15:50| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年06月25日

Pajekや他のソフトにあって、Cytoscapeに無いもの

ちょっと気が早いのですが、2.6に関することを少々。(できるだけ早めに皆さんの意見を伺いたかったので。)

ネットワーク解析ソフトでは、pajekはかなりポピュラーなもののひとつです。その人気の理由のひとつに、最初から用意されている各種解析機能があります。Cytoscapeでは、解析機能はプラグインで提供するというアプローチだったため、いまひとつどこから始めていいかわからないという意見が聞かれました。そこで、2.6から、解析機能もある程度まとめて最初から提供しようということになりました。ここで言う解析とは、グラフに関する各種オペレーション(最短経路など)、クラスター解析などを含みます。

そこでお願いなのですが、一言でかまいませんので、「このソフトのこんな機能を取り込んで」「pajekのXXという機能が便利だからCytoscapeでも使いたい」といった感じでここのコメント欄に書き込んでいただけますでしょうか?要望のあったものはできる限り実装しますので。

皆さんの意見をお待ちしております。
posted by 大野圭一朗 at 17:19| サンディエゴ ☀| Comment(2) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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