2008年04月15日

Ruby Scripting Engine Pluginをアップデートしました




Cytoscapeの機能をスクリプト言語からコントロールできるRubyScriptingEngineをJRuby1.1がリリースされたのでアップデートしました。

まだこの機能は実験段階なのですが、とりあえず簡単な繰り返し作業などをやらせたい場合などには使えると思います。起動のオーバーヘッドが大きいため、初回起動時には結構時間がかかりますが、気長にお願いします。あらかじめBioRuby1.2.1も組み込んであります。

こちらからサンプルなどをダウンロード可能です。

http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/ScriptingPlugins

Cytoscape 3.0では、基本機能としてサポートしたいと思いますので、これに関する機能のリクエストやアイデアなどありましたらぜひお知らせください。現在のところ、Rubyの他にも、JavaScript, Pythonをサポートする予定です。
posted by 大野圭一朗 at 11:29| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Google Summer of Codeの採用枠

Google Summer of Codeの採用枠ですが、九つ貰うことが出来ました。巨大なプロジェクトのGnome(24)やEclipse(20)等に比べれば少ないですが、mozilla(11)、ruby(9)と同じくらい割り当ててもらえたと言うことで、一同よろこんでおります。私もメンターとして1人受け持ちますが、かなりしっかりとした学生さんが多いので、誰にするかは非常に悩ましいところです・・・
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2008年04月12日

Cytoscape 2.6.0 リリース

大変遅くなりましたが、Cytoscape 2.6.0をリリースしました。

今回の主な新機能としては、以下のようなものがあります:

  • Web Service Client Manager
    • 各種データベースへの接続クライアントを監理する仕組。
    • Webサービス経由でネットワーク、アノテーションのインポートが可能
    • 現在、Pathway Commons, NCBI Entrez Gene, BioMart, IntActをサポート
  • アトリビュート・ブラウザからのLinkout(各種データベースのページをメニューから直接開く機能)

この他にも色々ありますが、また後程詳しく書きます。

紹介ページも新しくしましたので、一度ご覧下さい:

http://www.cytoscape.org/features2.php
posted by 大野圭一朗 at 14:26| サンディエゴ ☀| Comment(2) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年04月11日

Google Summer of Codeへの御応募ありがとうございました。

4/7/2008をもちまして、Google Summer of Codeの募集は締め切らせていただきました。日本からも数件応募をいただきました。これから評価を始め、21日に受け入れる学生の方を発表しますので、もう暫くお待ち下さい。6人から9人くらいを受け入れたいと思っています。
posted by 大野圭一朗 at 05:40| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年04月01日

Google Summer of Code 受付期間延長のお知らせ

Google Summer of Codeの受付期間が延長されて、4/7迄になりました。まだ時間がありますので、引き続き応募をお待ちしています。
posted by 大野圭一朗 at 05:54| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年03月26日

Google Summer of Code 2008参加者募集中です

Google Summer of Code 2008の正式な参加申込期間が始まっています。一週間と言う僅かな期間しかありませんので、順備はお早めに。GenMAPPプロジェクトと共同の窓口で受けつけています。
posted by 大野圭一朗 at 06:08| サンディエゴ 🌁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年03月19日

Google Summer of Code 2008 参加者募集のお知らせ

Google Summer of Code 2008ですが、無事審査を通過しましたので、参加者を募集したいと思います。今回もGenMAPPプロジェクトと共同で申し込みましたので、プロジェクトのページはこちらになります。GenMAPPは、最終的にCytoscapeと融合させる事になっているプロジェクトで、Cytoscapeそのもの以外にも色々とプロジェクト案があります。

来週から正式に書類を受け付けますので、何かアイデアのある学生の方は、ぜひ参加してみてください。
posted by 大野圭一朗 at 07:45| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年03月15日

Cytoscape with Wii Remote



CytoscapeをWiiMoteで扱ってみた動画です。プレゼンテーションとかに便利かもしれないです。
posted by 大野圭一朗 at 11:23| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(1) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Cytoscape 2.6.0 Beta 2


 


Cytoscape 2.6.0のベータ2をリリースしました。こちらからダウンロードしてください。だいぶ安定してきたので、次に正式版をリリース出来そうです。こんな感じに様々なデータベースからネットワーク情報を簡単にインポートできるようになったのが今回の目玉です。


気づいた点やバグなどありましたら私までご連絡ください。
 
posted by 大野圭一朗 at 11:12| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年03月11日

Google Summer of Code 2008 学生の皆さんへ

未だプロジェクトが正式に審査に通ったわけではありませんが、このイベントは非常に募集期間が短いので、予めどんなプロジェクトのアイデアがあるか、ここに載せてあります。最初のプロポーザルの段階では自分でやっていただくしか無いですが、もし審査に通れば、私も英語の面とかではサポートできますので、日本からの応募も期待して待っております。
posted by 大野圭一朗 at 10:09| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年02月29日

Google Summer of Code 2008

今年も、GoogleによるGoogle Summer of Codeが開催されます。私たちのプロジェクトも、まだこれから応募する段階ですが、とりあえずブレインストーミング中です。

正式に決まったらまたお知らせしますので、日本からの参加もお待ちしています
posted by 大野圭一朗 at 06:47| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年02月27日

Ruby Scripting Engine for Cytoscape





Cytoscapeでは、Version 3から正式にスクリプト言語をサポートする予定ですが、試験的にRuby言語でスクリプトを実行できるプラグインをVersion 2.6用に公開しています。これは、JRubyというJVM上でのruby実行環境をそのままプラグインに組み込み、RubyからCytoscape内のクラスに直にアクセスできるようになっています。簡単なワークフローをbiorubyなんかと組み合わせて実行する事が出来ます(ちなみにbiorubyもプラグインに予め組み込んであります)。サンプルスクリプトなども近日中に公開しますので、興味のある方は試してみてください。2.6のプラグインマネージャーからインストール出来ます。
ラベル:JRuby ruby java cytoscape
posted by 大野圭一朗 at 14:41| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Web Service BioHackathon 2008

六本木ヒルズとお台場で行なわれたBioHackathon 2008も無事に終りました。

私は、PPI等のネットワークデータベースWebサービスの標準化のグループに参加しましたが、とりあえずはこのHackathonに参加したSTRING, DIP, IntActではPSICQUIC(「サイキック」と発音します)という標準を採用することになりました。これは要するに、PSI-MIフォーマットのデータとしてサービスのプロバイダとクライアントはデータのやりとりをしましょう、ということで、PSI-MIのリーダーがあれば、コードの修整は最小限でクライアントを書けます。Cytoscapeには、ビルトインのPSI-MIリーダーがありますので、これを元にクライアントを書くことにしました。

Cytoscape PSI-MI Style w/OLS annotation

更に、OLSのWebサービスを使って、自動的にアノテーションの解説(データベースの説明や、用語の意味など)をダウンロード出来るような仕組を作りました。これは、PSI-MIに使われるタームが、予めオントロジーとして提議されているため可能になります。例えば、「Y2H」と言う文字列があれば、それは常に実験手法としての酵母ツーハイブリッド法を指し、他のデータベースからWebサービスを用いてダウンロードして来たネットワークデータであっても、PSI-MIであるならば同じ物を指すと言うことを意味します。これにより、データのマージやフィルタリングがより簡単になります。

このHackathonの成果物は、2.6リリース後、サービスプロバイダの方々の順備が整いしだい、共通ネットワークWebサービス・クライアントプラグインとしてリリースする予定です。

ネットワークが発達したとは言え、実際に会って作業を進めることで得られるメリットも多く、非常に有意義なHackathonでした。片山さんを始めとするオーガナイザーの方々には改めて御礼申し上げます。大変だろうとは思いますが、継続して行なわれるといいですねえ・・・
posted by 大野圭一朗 at 11:32| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Cytoscape 2.6 Beta Testing

font_mapping1

遅れていますCytoscape 2.6ですが、現在ベータテスト中です。
日々バグ取りをしていますので、もう暫くお待ちを。
テストに参加して頂ける方は、こちらからナイトリービルドをダウンロードして、不具合があれば、バグトラッカーにリポートして頂くか、私に直にメール下さい。(Build Artifactsと言うリンクからダウンロードできます)
posted by 大野圭一朗 at 11:03| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年02月08日

Web Service BioHackathon 2008に参加します




六本木とお台場で開催されるWeb Service BioHackathonに、私もクライアント開発者として参加します。初日はコンファレンス形式で行なわれるので、参加される方がいらっしゃいましたらお気軽に声をかけて下さい。

まだ製作途中ですが、2.6のweb serviceクライアントの機能を使って出来ることを徐々に下のページあたりにアップしていきます。日本語の方も制作予定です。

http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/SampleWebServiceClients
http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/WebServiceWorkflow
posted by 大野圭一朗 at 08:18| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年11月17日

Cytoscape 2.6の新機能: ウェブサービス・クライアントマネージャ




Cytoscape 2.6の開発も佳境に入ってきました。今回は大幅なユーザーインターフェースの変更などはなく、小さめの新機能をいくつか取り入れると言った感じになっています。その中でも比較的大きいのは、各種ウェブサービスへの接続を可能にするウェブサービス・クライアント・マネージャです。基本的に、各種ウェブサービスへのクライアントをラッピングしてCytoscapeに取り込むシンプルな機能なのですが、いくつかのデータベースへの接続をデフォルトでサポートします。上の例は、IntActデータベースへ接続して、クエリをもとに自動的にネットワークを生成するクライアントです。この他にも、NCBI Entrez Gene, Biomart, UniProtKBなどへ接続してデータ(ネットワーク、アトリビュート)を取って来る機能を標準でサポートします。
posted by 大野圭一朗 at 04:35| サンディエゴ 🌁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年11月16日

Cytoscape Retreatでの発表など

retreat3m.jpg retreat2m.jpg retreat1m.jpg

アムステルダムで行われたCytoscape Retreatでは様々な議論や発表が行われましたが、たくさんの新作プラグインも発表されました。今回は始めてのヨーロッパでの開催と言う事もあり、たくさんの開発者に欧州各国から来ていただけました。こちらのページに今回発表されたプラグインの一覧がありますが、非常に便利なものも多いので、色々試してみてください。基本的に無料のものばかりです。

いくつかピックアップしてみますと、

NetworkAnalyzer 2.5




ReConn



GPML Plugin



他にもたくさんあります。まずはダウンロードして使ってみてください。


posted by 大野圭一朗 at 14:33| サンディエゴ 🌁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Google Summer of Code 2007の成果物

gsoc2007-2.jpg

Google Summer of Code 2007ですが、無事に終了し、成果物の方もあがってきています。Cytoscape Retreatにて、そのうちの一人と実際に会ったのですが、セカンドライフの中でしか会った事無い人と実際に会うのは何だか不思議な感じでした。

さて、その成果物の一つ、Enhanced Searchプラグイン。ApacheのLuceneを用いて、様々な条件でネットワーク中のオブジェクトを検索できます。今までは一度に一つの属性に対してしか検索できませんでしたが、これを使えば全ての属性に対して、ワイルドカードや曖昧な条件を使って縦断検索を行えます。非常に便利ですので、ぜひお試しください。
posted by 大野圭一朗 at 14:11| サンディエゴ 🌁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年11月14日

Cytoscape Retreat 2007終了

Cytoscape Retreat 2007 in Amsterdamは、おかげさまで大成功に終りました。今回は講演者にも恵まれ、そして初めてのヨーロッパでの開催と言うこともあり、欧州各国から沢山の方々に参加していただきました。私自身も、今までネット上でしか知らなかった沢山の研究社や開発者に直接お会いできて、大変有意義な時間を過ごすことが出来ました。

今回は、前回にも増して沢山のプラグインが発表され、Cytoscapeのコミュニティが確実に成長していることを実感することが出来ました。

残念ながら日本の方にはお会いできなかったのですが、来年はカナダのトロントで夏頃開催される予定ですから、日本からのご参加もお待ちしております。詳細については追ってこちらで連絡いたします。
posted by 大野圭一朗 at 02:47| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Nature ProtocolsにCytoscapeに関する最新版の論文が掲載されました

Nature Protocolsの最新号に、Cytoscapeに関するチュートリアル的な論文が掲載されました。私も少々関わっているのですが、基本的に開発者が書いているので、情報の信頼性は高いです。全くCytoscapeを使ったことの無い方でも、この論文に書いてあるチュートリアルを一通りこなすことにより、基本的な機能をだいたい網羅することが出来ます。

このプロトコールに関する質問などあれば、私までご連絡下さい。

Nature Protocols 2, 2366 - 2382 (2007)
Published online: 27 September 2007 | doi:10.1038/nprot.2007.324

Integration of biological networks and gene expression data using Cytoscape

posted by 大野圭一朗 at 02:35| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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