2008年10月29日

Google Summer of Code 2008 Mentor Summitに参加してきました

google1.jpg google2.jpg google3.jpg

Google Summer of Codeは今年も無事終了し、参加してくれた学生さんの全員が一応の目標を達成する事が出来ました(具体的成果についてはまた後ほど詳しく書かせていただきます)。今回は、先週末にGoogle本社で行われた、オープンソースプロジェクトのメンター(指導者)会議に、私もグループの代表として参加してきました。これは、LinuxやFirefoxといった有名なプロジェクトから、我々のように比較的小規模なプロジェクトまで、世界中のオープンソース開発者が一同に会し、様々なトピックについて自由に意見交換を行うもので、シリコンバレーにあるGoogle本社にて毎年行われています。

基本的にテーマは決まっておらず、参加社が初日に話し合いたいトピックを出し合い、あとは小規模なグループに分かれてディスカッションをする、と言う形式になっています。Googleのエンジニアも幾つか講演者としてセッションを持ち、今年はAndroidチームのRomain Guy氏などがAndroid向けアプリの開発について説明したりしていました。

私は、サイエンティフィック・コンピューティング系の開発者が集まるセッションや、Wiki開発者などによるディスカッション、複数のプログラミング言語を混在させるスタイルの開発に関するセッションなどに参加してきました。ライフサイエンス系のアプリに関わっている人間は殆ど参加していなかったので、割と一般的な話になってしまうのですが、GPUを使った計算C言語のネイティブコードとその他の言語のより便利な連携など、将来的に使ってみたいネタは幾つか仕入れる事が出来ました。

参加者には、日本人はおろか、アジア人そのものが殆ど居ないと言ったお寒い状況でしたが、数少ない日本人参加者の方ともお話しする事が出来て、来年はもっと日本からの参加者を増やせるように協力できる所は協力して行こう、と言う事になりました。開催時期的な問題や、言葉の問題、メンターの確保など、色々と難しいハードルは多いですが、無事プロジェクトに成功した学生さんをシリコンバレーに連れて行ってあげるなど、色々と参加する方のモチベーションをあげるような事も考えて行きたいと思います。
posted by 大野圭一朗 at 14:42| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年09月27日

Cytoscape + Ruby, Python, JavaScript and Groovy


Cytoscapeでは、今後Javaによるプラグイン開発以外にも、スクリプト言語による自動化やプラグイン開発をサポートする予定です。現段階でも、以下のスクリプト言語をサポートしています:

  • Ruby
  • Python
  • JavaScript
  • Groovy

Cytoscape 2.6.1用のプラグインとしていずれも公開していますので、ちょっとした作業の自動化などに使ってみたいと言う方は、ぜひお試しください。以下のサイトにてサンプルなどを公開しています:


Rubyのプラグインには、予めBioRubyも組み込んでありますので、すぐにKEGG API等をCytoscapeのAPIと組み合わせてご利用いただけます。
posted by 大野圭一朗 at 07:57| サンディエゴ 🌁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年09月20日

Cytoscape 2.6.1リリース

Cytoscape2.6.1をリリースしました。2.6の安定板ですので、全てのユーザーの方にアップグレードを推奨します。


posted by 大野圭一朗 at 05:58| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年08月19日

奈良先端科学技術大学院大学でCytoscapeに関する公開セミナーを行ないます

来月初旬、奈良先端科学技術大学院大学にて、公開セミナーを開催していただけることになりましたので告知いたします。公開セミナーですので、近隣にお住いの方で、こういったソフトの利用に関心のある方はぜひご参加下さい。

我々も、一アプリケーションから、様々なものへ利用できるプラットフォームヘの移行時期にありますので、コラボレーションや実際に使っておられる方からの機能リクエスト、ディスカッションなども大歓迎です。

よろしくお願いいたします。




奈良先端科学技術大学院大学にて9月8日にGCOEセミナー「Cytoscape: 生物学的ネットワーク解析と可視化のためのオープンソースプラットフォーム」を開催いたします。

事前申込は必要ありません。
ご興味のある方はご参加ください。

【公開セミナー】

「Cytoscape: 生物学的ネットワーク解析と可視化のためのオープンソースプラットフォーム」

講師 : 大野圭一朗 氏

日時 : 9月8日 13:30 - 15:00

場所 : 奈良先端科学技術大学院大学 情報科学研究棟 1階L1教室

(近鉄けいはんな線「学研北生駒駅」下車、徒歩20分)

http://www.naist.jp/accessmap/index_j.html


本セミナーでは、PPI (Protein-Protein Interaction)やパスウェイと言った、生体内での分子間相互作用を記述した新しい形式のデータを、 タンパク質などに対する既存のアノテーションや、マイクロアレイなどの実験データと統合して扱う総合プラットフォーム「Cytoscape」の歴史、基本的な機能を用いたデータ統合・解析・可視化の流れに加え、生物学研究における使用例等も交えて、幾つかのプラグイン(必要な機能をユーザが独自に拡張できる仕組み)をコア・ディベロッパーの大野圭一朗 氏に紹介して頂きます。


幅広い領域の研究者、学生の皆様のご参加をお持ちしております。

posted by 大野圭一朗 at 02:43| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年07月24日

ISMB 2008 Visual Reflections On Science

ISMB 2008で行なわれたVisual Reflections On Scienceというイベントに、私がCytoscapeで作ったヒトのインタラクトームのイメージが展示されています。

リンクが壊れているようなので、右クリックでダウンロードするとフルサイズの画像が見られます。

http://www.iscb.org/ismb2008/vrsimages.php
http://www.iscb.org/ismb2008/ismb2008_includes/images/vrs/3226_vrs_arc.jpg
posted by 大野圭一朗 at 04:55| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年07月22日

Cytoscape Retreat 2008 in Toronto無事終了しました

Cytoscape Retreat 2008は無事終了しました。後ほど詳しいレポートを書きますが、今回は日本から参加してくださった方も居て、有意義な四日間を過ごす事が出来ました。

Cytoscape 3への道のりはなかなか険しそうですが、私は、今後はほぼフルタイムで3の開発に入ります。比較的新しい技術を用いて構築しようとしているため、私自身も勉強の毎日ですが、Cytoscapeと言うアプリケーションで完結するのではなく、他の様々なプロジェクトと協力、流用可能なものを目指しますので、ご期待ください。
posted by 大野圭一朗 at 15:34| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年07月17日

ICSB 2008での発表

今年のICSB 2008では、Cytoscapeのブースが設けられますので、興味がある方は立ち寄ってみてください。

http://www.icsb-2008.org/
posted by 大野圭一朗 at 22:24| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年07月11日

Cytoscape RetreatとISMB 2008

Cytoscape Retreatは来週から始まりますが、まだ若干席が残っていますので、一部だけでも参加してみたい方は、以下のリンクからご登録下さい。

http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/CytoscapeRetreat2008

先の記事にも書きましたが、ISMB本体でも、ワークショップとユーザーミーティングがありますので、是非ご参加下さい。そして、これらに関連して、BioPAXのミーティングもありますので、Pathway情報の相互利用に興味のがある方はこちらもどうぞ。


http://www.iscb.org/ismb2008/bof.php

Monday, July 21
Sharing Biological Pathway Information (e.g. BioPAX)

Leader: Gary Bader


Monday, July 21 - 12:45 p.m. - 2:00 p.m.

Room: 718B


Description: This BOF is aimed at pathway data providers and users for discussion about sharing biological pathway

information. Discussion will include the BioPAX (www.biopax.org) pathway exchange format, pathway data registries and author data entry systems.

posted by 大野圭一朗 at 02:41| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

ISMB 2008でのワークショップとユーザーミーティング

Cytoscape Retreatは、ISMBの前に行なわれますが、ISMBの中でも、ユーザーミーティングとワークショップが開催されます。

BoF(ユーザーミーティング)が20日、日曜日午後12:45から、ワークショップが23日、水曜日の午前10:45から、始まりますので、興味のある方は是非どうぞ。

残念ながら私は参加できませんが、コアディベロッパーが直接質問にお答えします。




http://www.iscb.org/ismb2008/bof.php


Sunday, July 20

Cytoscape User Group

Leader: Gary Bader


Sunday, July 20 - 12:45 p.m. - 2:00 p.m.


Room: 701B


Description:
Cytoscape is free, open-source software for network visualization and
analysis. Users and plugin developers are invited to join core
developers for Cytoscape discussion.




http://www.iscb.org/ismb2008/workshops.php


Workshop 2: Cytoscape


Wednesday, July 23 - 10:45 a.m. - 12:40 p.m.


Room 715


Presenters: Various


Cytoscape: An Open-Source Platform for Network Analysis and Visualisation


Allan Kuchinsky, Piet Molenaar, Scooter Morris, Alex Pico, Yeyejide Adeleye, David States, Gary Bader


Cytoscape (http://www.cytoscape.org)
is an open-source software package for the visualisation and analysis
of biological networks and the integration of molecular state data.
Cytoscape provides functionality to layout and search networks; to
visually integrate networks with expression profiles, phenotypes, and
other molecular states; and to link to databases of functional
annotations. In this demo we will provide an introduction to the core
functionality of Cytoscape and network-based analysis that will be of
relevance to researchers with an interest in the analysis of biological
data in the context of biological networks and pathways. Various
plugins will also be demonstrated, such as MiMI (Poster K15) and
Pathway Commons (Poster R66)


GenePro: a Cytoscape Plug-in for Advanced Visualization and Analysis of Interaction Networks


Jim Vlasblom, Shuye Pu, and Shoshana J. Wodak. Hospital for Sick Children, and Departments of Biochemistry and Molecular Genetics, University of Toronto, Toronto Canada. http://Wodaklab.org


GenePro
features a set of versatile tools that greatly facilitates the
visualization and analysis of protein networks derived from high
throughput interactions data and the validation of various methods for
parsing these networks into meaningful functional modules. Availability:
The GenePro plugin is available for download at:
http://genepro.ccb.sickkids.ca


Interactive analysis of metabolic pathways, their enzymes and metabolites


Brian Turner, Steve Constable, Zahrah Kahlid, Koji Ogata and Shoshana J. Wodak


Departments of Biochemistry and Molecular Genetics, University of Toronto, Toronto Canada. http://Wodaklab.org


We will demonstrate new Plug-in enabling interactive analyses of metabolic
pathways. Pathways imported using the BioPax format are displayed and
interactively queried for information on metabolites (chemical
structure and 3D conformation), and enzymes (Go annotations, domain
structure and architecture, sequences information, homologs, 3D
structure (PDB), SCOP classification etc.). Information on enzymes is
obtained from the iProClass database using XML-based query tools.

posted by 大野圭一朗 at 02:33| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年07月09日

OSGi + Spring Dynamic Modulesの記事をアップデートしました

こちらに、OSGiとSpringを利用するチュートリアルを書きました。将来的にプラグインを書いてみたいとお考えの方は御一読下さい。
posted by 大野圭一朗 at 11:45| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年07月02日

Cytoscape 3とOSGi + Spring Framework

Cytoscapeは、現在メジャーバージョンアップ作業を始めたところで、次期バージョンの3では、大幅な設計の変更が行なわれます。そこではOSGiという技術を使うのですが、なかなか分かりにくい分野でもあるため、少しずつチュートリアル的なドキュメントを整備していこうと思います。こちらの方に書きためて行き、いずれしっかりとまとめたいと思います。ここを理解しないと次のバージョンではプラグインを書くのは困難になりますので。

ただ、この技術を使うことにより、CytoscapeのプラグインをRuby等で書くことも可能になります。そのあたりの仕組とやり方も徐々に書いて行きます。
posted by 大野圭一朗 at 10:22| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Cytoscape Retreat

Cytoscape Retreatが近づいてきましたが、もちろん私も参加します。会場で見かけましたら気軽に声をかけてください。
ラベル:cytoscape
posted by 大野圭一朗 at 10:15| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年05月09日

Cytoscapeに関連する書籍が出版されました

私も執筆しました、マイクロアレイ解析の教科書が羊土社樣より出版されました



マイクロアレイデータ統計解析プロトコール

Excelを中心としたデータの標準化から有意差解析,クラスタリング, ネットワーク解析法のすべて


基本的に、今まであまり無かったタイプの本だと思います。アレイのデータからネットワーク解析までの、計算機を活用した解析の流れを俯瞰したい方にお薦めします。Cytoscapeに関する章では、ユーザーのネットワークを既知のPathwayにマッピングする方法を紹介しています。ちなみに表紙のネットワークもCytoscapeで作られたものです。

私の書いた内容に関する質問やエラーに関しても御一報下されば対応いたしますので、よろしくお願いいたします。
posted by 大野圭一朗 at 06:02| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年04月22日

Google Summer of Codeの審査結果

Google Summer of Codeの件ですが、審査の結果、以下のプロジェクトが採用されました:

http://code.google.com/soc/2008/genmapp/about.html

残念ながら、日本からのプロジェクトは採用されませんでしたが、もしGoogle Summer of Code以外のプロジェクトとして独自に実装してみようと思っている方は、ご連絡いただければ、ある程度のアドバイスなどは行なえると思います。メンターの数とGoogleからの割り当てられた枠の数の制限がありますので、迷いながらも採用できなかったプロジェクトもあります。オープンソースプロジェクトですから、いつでもコードをコミットして下さる方は歓迎しますので、何らかの形で今後もCytoscapeに関わっていただければ幸いです。
posted by 大野圭一朗 at 10:36| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年04月19日

Google Social Graph APIでTwitterを可視化するJavaScriptのアップデート版




Google Social Graph APIでTwitterを可視化するJavaScriptを先日書きましたが、何が役に立つのかよく分らないと思いますので、少しだけ書き直しました。followしている、されているの関係もアトリビュートとして取りこまれています。各ページへは、アトリビュートブラウザのURLをクリックしていただければジャンプできます。その引っ張って来たデータを元にした可視化の一例が上の図です。ハブが誰かよく分ると思います。

オリジナル画像は、ここここにあります。スクリプトはこのページの下の方にあります。

汚いコードなので真似しないようにお願いします(笑)。要するにスクリプトなら汚くても、データをネットから引っ張って来るくらいはすぐに出来ます、と言うことです。
posted by 大野圭一朗 at 09:53| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年04月17日

CytoscapeをRubyコンソールから操作できるようにしました




RubyScriptingEngineを0.03にアップデートしたのに伴い、jirbを使って、コマンドラインからインタラクティブに操作できるようにしました。基本的に、Cytoscapeの全APIにRubyコンソールからアクセスできます。GUIでカチカチやるにはめんどくさい、もしくはそもそもそんな機能は無いと言う場合に、数行のrubyコードを書いて解決したい、と言う方に最適です。

ただし、まだ実験段階なので、巨大スクリプトライブラリを書こうとかは考えないようにお願いします(笑)。今はあくまでも、「小物作り」もしくは「ルーチンワークの自動化」等にお使い下さい。
ラベル:java cytoscape JRuby ruby
posted by 大野圭一朗 at 10:45| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Cytoscape Retreat 2008 in Tronto, Canada ヘのお誘い

毎年恒例のCytoscape Retreat(開発者会議兼、ユーザーミーティング、そしてシンポジウム)が今年はカナダのトロントで行なわれます。今回は独立した開催ではなく、ISMB2008Yeast Meetingに時期を合わせて行なわれますので、日本からの方も、少しだけ滞在を延ばして参加してみませんか?
詳しくは以下のページをご覧下さい。

http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/CytoscapeRetreat2008

今年は、シンポジウムは他の学会に譲るとして、ユーザーと開発者の交流やディスカッションに重点を置いたものになる予定です。

スケジュール的には、


と言う感じになっているので、7月の半ばから下旬をトロントで過ごせば、かなり色々な学会に参加可能です。トロントでお待ちしております。
ラベル:ISMB java cytoscape
posted by 大野圭一朗 at 02:54| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年04月16日

Google Social Graph APIでTwitterを可視化するJavaScript


生物学と全く関係ないので恐縮ですが、生物学者以外の方も使ってくださっているようなので、一つ簡単なスクリプトの例を。こちらの例は、Twitterで私がfollowしている方々を、JavascriptエンジンとGoogle Social Graph APIを使ってCytoscape上で可視化したものです。いちいちプラグインを書くのは大げさだな、と言う場合には、今回公開したJavaScriptやrubyのスクリプト機能を使うと便利です。クローラーとフィルターをスクリプトで実装して、まとめてCytoscapeに取り込む、と言った使い方が便利かもしれないです。

いくつかサンプルをアップしておきましたので、エディタでいじりながらお使いください。あまり考えずに適当に作ったものばかりなので汚いですが、こういう汚くてもとりあえず結果が欲しい、と言う場合にお使いください。

http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/ScriptingPlugins
posted by 大野圭一朗 at 17:05| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

JavaScriptEngine Pluginをリリースしました



Rubyに引き続き、JavaScriptをサポートするプラグインも作ってみました。
細かい作業を自動化するときなどに使ってみて下さい。Plugin Managerからインストールできます。
posted by 大野圭一朗 at 09:46| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Cytoscape 2.6.0の新機能 1: Web Serviceクライアントマネージャ


Cytoscape 2.6.0から、各種Webサービスヘの接続を監理する機能が付きました。メジャーなデータベース、例えば、NCBI Gene、BioMartといったものは、外部にAPIを公開していて、そこへアクセスするプログラムを作製することにより、容易にデータを取得することが出来ます。今回のリリースでは、NCBI Gene, Pathway Commons, IntAct, BioMart, PICRをサポートしました。これにより、各種ネットワークデータやアノテーションを上の例のようなユーザーインターフェースを使い、簡単にインポートすることが可能です。

英語ですが、簡単な解説はこちらにありますので、ご一読下さい。

http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/SampleWebServiceClients
http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/WebServiceWorkflow

ラベル:cytoscape java
posted by 大野圭一朗 at 04:12| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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