2011年11月14日

サイトの移行を開始しました

長いことこのサイトをアップデートしてきませんでしたが、ここで新たなサイトに移行して仕切り直しをすることにしました。新サイトのURLは

http://cytoscape.wordpress.com/

となります。
ここは消去しませんが、新しい情報はあちらのサイトに掲載しますのでよろしくお願いします。

サイト管理人 Kieichiro Ono
posted by 大野圭一朗 at 10:46| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2010年04月08日

Cytoscape 2.7がリリースされました

お待たせいたしました。Cytoscapeの最新版であるバージョン2.7がリリースされました。先にお知らせした新機能追加以外にも、たくさんのバグ修正を含んでおりますので、ぜひアップデートしてみてください。

不具合などありましたら、日本語のメーリングリストか、私の方へ直接どうぞ。





The Cytoscape team is proud to announce the release of Cytoscape 2.7!  This
release includes some exciting new features:

 * Nested Networks: A node may now have a reference to another Network,
which allows us to capture the relationships between networks in networks
themselves.
 * CyCommandHandlers: Addition of a mechanism to the core to provide
inter-plugin communication.
 * New Edge Types: Several new edge types between solid and dashed have been
added.
 * Newlines and list editing in attribute browser: The attribute browser has
been updated to allow newline characters to be added by pressing the "Enter"
key. List editing is now also enabled.
 * Automatic label wrap: A new visual property has been added that sets the
width of a label. Any label extending beyond this width will be
automatically wrapped.
 * Arrow color optionally locked to edge color: Arrow color may now be bound
to the edge color by checking a box in the Dependencies pane of the Default
Appearance Browser in the VizMapper, which avoids the necessity of creating
separate-yet-identical mappings for edge, source, and target arrows.
 * BioPAX Level 3 support.

You can get the release here: http://cytoscape.org


posted by 大野圭一朗 at 12:02| サンディエゴ ☀| Comment(4) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2010年03月25日

Cytoscapeを利用した論文の例

Cytoscapeを使ってみたいが、どのような利用例があるか?と言う質問をしばしば受けるのですが、論文の中にはCytoscapeの事を引用してあったりしてなかったりで、若干PubMed等で検索しにくいものもあります。利用例として、最近の論文を少しだけあげてみます。

以下の論文は、ナラプロテクノロジーズ社のテキストマイニング技術とCytoscapeを利用した、最近発表された日本の研究者による論文の例です。

IQGAP1 and vimentin are key regulator genes in naturally occurring
hepatotumorigenesis induced by oxidative stress.
Tsubota A, Matsumoto K, Mogushi K, Nariai K, Namiki Y, Hoshina S, Hano
H, Tanaka H, Saito H, Tada N.

A preliminary approach to creating an overview of lactoferrin
multi-functionality utilizing a text mining method.
Shimazaki KI, Kushida T.


Cytoscape開発に関わっているチームが最近出した論文でも、ネットワークの可視化とデータ統合部分では、ほぼすべてCytoscapeを利用していますので、参考にしてみてください。

The genetic landscape of a cell
Science. 2010 Jan 22;327(5964):425-31.

Genome Res. 2010 Feb;20(2):190-200. Epub 2009 Dec 9.
Bayesian network analysis of targeting interactions in chromatin.

PLoS Genet. 2009 Dec;5(12):e1000782. Epub 2009 Dec 24.
Genome-wide association data reveal a global map of genetic interactions among protein complexes.

Nature. 2010 Feb 11;463(7282):813-7.
Human host factors required for influenza virus replication.
 
 
 
ラベル:cytoscape
posted by 大野圭一朗 at 05:16| サンディエゴ 🌁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2010年03月20日

Google Summer of Code 2010に参加します



今年も無事Googleの方に受理されましたので、CytoscapeもGoogle Summer of Codeのメンター組織として参加します。詳しい事は、以下のページをご覧ください。

http://code.google.com/intl/ja/soc/

プロジェクトのアイデアは以下の様なものがあります

http://socrates2.cgl.ucsf.edu/GenMAPP/wiki/Google_Summer_of_Code_2010

学生の方々には非常に良い経験になると思いますので、是非挑戦してみてください。

応募期間が3月29日から4月9日までと非常に限られているので、参加を考えている方は今すぐ準備を!

posted by 大野圭一朗 at 04:47| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2010年03月13日

Cytoscape 2.7 Betaテスト中です


かなり長いブランクがありましたが、Cytoscapeの新バージョン2.7を間もなくお届けできる予定です。今回の目玉機能としては、ネットワークの階層構造のサポートがあります。端的に言えば、「ネットワークのネットワーク」を作る事が出来る機能で、ネットワークを内包するノードには、ちゃんとそのネットワークの構造をレンダリングして表示する事が可能です。

現在ベータテスト中ですので、こちらからダウンロードして問題点等あればご連絡ください。

http://chianti.ucsd.edu/Cyto-2_7-beta/
posted by 大野圭一朗 at 03:53| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2009年12月30日

日本Cytoscapeユーザーグループ

スクリーンショット(2009-12-30 11.17.36).png

今までGoogleグループで運営を行ってきましたメーリングリストですが、暫く放置してあったためにスパムの温床になってしまいました。今回、改めて設定等を見直してもう少し意味のあるメーリンスリストとして復活させようと大掃除を行いましたので、他のユーザーとの情報交換の場としてお使いいただければ幸いです。







ラベル:cytoscape
posted by 大野圭一朗 at 11:26| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2009年12月21日

Cytoscapeユーザーミーティングの開催 : 中止になりました

申し訳ありませんが、都合によりこのミーティングは中止になりました。

ただし、もしご希望でしたら25日の同じような時間帯に都内のカフェ等で小規模なミーティング等を持つ事は可能ですので、ご希望の方は直接メール(konoアットマークucsd.edu)いただくかTwitterでご連絡ください(Twitter Account: c_z)。




急ではありますが、ナラプロテクノロジー様が再び都内でCytoscapeユーザーミーティングを開催してくださる事になったのでお知らせいたします。


2009-12-16

Cytoscapeの大野圭一朗さんを迎えて2
Cytoscapeのユーザミーティングを開催することになりました。
日時:12月25日(金)10:00-11:00
場所:弊社(予定)、参加費:無料
参加ご希望の方は事前にここまでご連絡ください。



年末の忙しい時期ではありますが、ご興味のある方はぜひお越し下さい。


ラベル:cytoscape
posted by 大野圭一朗 at 17:27| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2009年10月09日

CytoscapeのTwitterアカウント

twitter

Cytoscapeに関連するお知らせや有用なリンクなどを紹介するTwitterアカウントを作成しました。ほかのコア開発者と共有アカウントですので英語ですが、基本的に長い文章では無いので興味のある方はfollowしてみてください。

http://twitter.com/cytoscape

ラベル:cytoscape twitter
posted by 大野圭一朗 at 13:46| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2009年08月26日

Cytoscapeユーザーミーティングのお知らせ

来週の月曜日、東大にてCytoscapeのユーザーミーティングを行うことになりました。興味のある方はぜひご参加ください。


UC, San Diegoの大野と申します。

この度、ナラプロ・テクノロジーズ株式会社様の御厚意により、東大駒場教養キャンパスにてCytoscapeのユーザーミーティングを行うことになりました。Cytoscapeとは、システム生物学分野で広く使われている、ネットワークデータ統合・解析・可視化の為のオープンソースプラットフォームです。

http://www.cytoscape.org/
http://cytoscape.seesaa.net/

私はUCSDにて、このソフトウェアのコア部分を中心に開発しております。今回は、実際にユーザーの方のご意見を伺い、今後の開発にフィードバックさせて行きたいと思っているので、こういったツールに興味のある方、もしくはもう使っていらっしゃって、質問や機能リクエストなどのある方はぜひご参加ください。

日時は8月31日(月)3時〜、場所は東大駒場教養キャンパス(17号館1F 生命科学ネットワーク)となっております。ご質問等ありましたら、担当のナラプロ・テクノロジーズ櫛田様までご連絡ください:

ナラプロ・テクノロジーズ株式会社
113-0033 東京都文京区本郷2-40-17本郷若井ビル6F-B

Tel: 03-3813-6140
Fax: 03-3813-6150
kushida@nalapro.com
http://www.nalapro.com/

よろしくお願いいたします。
University of California, San Diego
School of Medicine Trey Ideker Lab
Research Associate/Programmer Analyst

Keiichiro Ono
http://chianti.ucsd.edu/~kono/profile/top.html
posted by 大野圭一朗 at 12:19| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2009年08月25日

都内でのCytoscapeユーザーミーティング

直前で申し訳ないのですが、今月末に都内で私も参加するCytoscapeのユーザーミーティングのようなものを開催できるように調整中です。8月31日に行う予定ですので、詳細が決まりましたらまたここでお知らせいたします。
ラベル:cytoscape
posted by 大野圭一朗 at 11:16| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Google Summer of Code終了

capture-1116.png

今年のSummer of Codeも無事に終了しました。残念ながら一人ドロップアウトが出てしまいましたが、9人の学生さんが最後までやり遂げました。

とは言っても、ここで完結する訳ではなく、今後も引き続き我々のプロジェクトに参加し、更なる改良を加えていく人たちも多いので、時々彼らのサイトなどをチェックしてみてください。ちなみに私が今年担当したプロジェクトは実験性の強いものですので、今後も引き続き改良を加えて、3のリリースと一緒に正式公開されると思います。

http://cg06.naist.jp/gsoc/wiki/WikiStart


posted by 大野圭一朗 at 11:01| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2009年04月21日

Google Summer of Code 2009 採用プロジェクト

と言う訳で、Googleの方から正式発表になりました。

http://socghop.appspot.com/org/home/google/gsoc2009/genmapp

(カッコ内はメンター名)

  • Kozo Nishida Processing-Based New Visualizer for Cytoscape 3 (Keiichiro Ono)
  • Chinmoy Bhatiya Phylogenetic tree plugin for Cytoscape (Peng-Liang Wang)
  • Xuemin Liu Superpathways in Cytoscape (Thomas Kelder)
  • Chetan Bansal Ontologies for Wiki Pathways (Alexander Pico)
  • JIANJIONG GAO ID Mapper, Network Merger and Pathway Merger (David States)
  • Adem Bilican Biopax plugin(import, layout, export) for PathVisio (martijn van iersel)
  • Yan Jie, freddy Chua From Enrichment to Gene Networks (daniele merico)
  • Gerardo Huck Cytoscape GPU Assisted Graph Layout Plugin (Daniel Abel)
  • Stephen Federowicz CyAnimator: A general purpose animation tool for Cytoscape (Scooter Morris)
  • Srinivasarao Vundavalli Integrated data mining in Cytoscape 3.0 (Maital Ashkenazi)

以上の10名が参加することになりました。今年は初の日本人参加者も居ます。Cytoscape 3をベースに開発を行いますので、安定した機能として皆さんに使っていただけるのはちょっと遅くなるかもしれませんが、Processingをベースにした三次元やアニメーションも含んだ可視化エンジン、CUDAとC言語を使ったレイアウトアルゴリズムの高速化など、面白いプロジェクトが揃ったと思うので、ここでまた進捗状況を報告していきたいと思います。
posted by 大野圭一朗 at 10:17| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2009年04月18日

Cytoscape 3の概要 (はじめに)

スケジュール的にはずいぶんと遅れが出てしまっているCytoscape 3ですが、開発は日々続いています。基本的なデザインはずいぶん前に出来上がって、今はそれをひたすら動くようにコーディングしているところです。

今回のバージョンアップは、今までとは全く違うレベルのものです。具体的には、内部的な構造をすっかりデザインし直してあります。そこで、これから暫く、どんなところが変わるのかを少しずつ紹介して行きたいと思います。

主な変更点は以下の通りです:

  • OSGiフレームワークをベースにしたシステム全体のプラグイン構造化
  • 新しいグラフのデータモデル
  • レンダリング部分の切り離し
  • 複数のレンダリングエンジンのサポート
  • スクリプト言語の標準サポート
  • コマンドラインやサーバーサイドでの実行のためのモジュール化

各機能の詳細については順次書いていきますので少々お待ち下さい。
posted by 大野圭一朗 at 13:10| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Google Summer of Code 2009の参加者が決定しました

Google Summer of Codeに応募してくださった方々、どうもありがとうございました。
採用プロジェクトも決定し、メンターの割り当ても決まりました。

正式な発表は月曜日の正午にGoogleのホームページで行われますので、こちらをご覧下さい。
posted by 大野圭一朗 at 11:49| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2009年03月19日

Google Summer of Code 2009に参加します

無事審査を通過して、今年もGoogle Summer of CodeにCytoscape/GenMAPP/Wikipathwaysとして参加することになりました。

http://socghop.appspot.com/org/show/google/gsoc2009/genmapp

我々が考えているアイデアのリストは以下のような感じですが、これに捕われず、色々なアイデアを募集しますので、参加をお考えの方はそろそろ準備を始めてみてください。

https://socrates2.cgl.ucsf.edu/GenMAPP/login/wiki/Google_Summer_of_Code_2009
ラベル:GSoC open source
posted by 大野圭一朗 at 09:13| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2009年03月11日

BioHackathon 2009に参加します

今年もbiohackathon 2009が開催される事になり、私も参加させていただける事になりました。初日から最後まで参加しますので、参加される方は会場でお会いしましょう。

http://hackathon2.dbcls.jp/attachment/wiki/Poster/biohackatho2009-poster.png

シンポジウムの方はどなたでも参加出来ますので、Web Serviceを使ったライフサイエンス系サービスの連携に興味のある方はぜひどうぞ。

http://hackathon2.dbcls.jp/wiki/Symposium
posted by 大野圭一朗 at 16:48| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

JRubyによるスクリプトの例

kozo_niさんによるCytoscape用のJRubyスクリプト機能を使ったサンプル:

http://d.hatena.ne.jp/kozo-ni/20081123#1227450737

KEGG APIを利用してネットワークにアノテーションを追加するスクリプトです。

Cytoscape 3からは、スクリプト機能を標準で搭載したいと思いますので、今後はこういったスクリプトを共有する為に、我々のサイトに投稿出来る仕組みも作成する予定です。
ラベル:JRuby cytoscape
posted by 大野圭一朗 at 16:42| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Cytoscape 2.6.2をリリースしました

少々遅くなりましたが、Cytoscapeの最新版である2.6.2をリリースしました。特に機能の追加などはないバグフィックス版ですので、全ての利用者の方にアップデートを推奨します。

ダウンロードはこちらからどうぞ。
posted by 大野圭一朗 at 16:32| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Google Summer of Code 2009

すっかり更新が滞っていましたが、Cytoscape自体は相変わらず開発が進んでおります。

さて、今年もGoogle Summer of Codeの季節がやって来ました。まだ正式決定ではありませんが、我々もまた参加すべくGoogleの方に書類を提出した所です。

審査を無事通過出来る事を祈りつつ、学生の皆さんでバイオインフォマティクス系の開発に興味のある方は、以下のリストなども参考にして、面白いプロジェクト案を考えてみてください。

http://socrates2.cgl.ucsf.edu/trac/GenMAPP/wiki/Google_Summer_of_Code_2009
ラベル:open source GSoC
posted by 大野圭一朗 at 16:28| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年10月29日

奈良でのプレゼンテーションの動画

非常に遅くなってしまいましたが、奈良先端科学技術大学院大学にて私がCytoscapeについて紹介させてもらった時の動画を、大学院生の西田さんが公開してくれましたので、Cytoscapeが現状ではどんな事が出来るのか一通り眺めてみたい方はご覧ください:

http://video.google.com/videoplay?docid=1484368002227014449
ラベル:cytoscape
posted by 大野圭一朗 at 14:48| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(1) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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