Cytoscapeの機能をスクリプト言語からコントロールできるRubyScriptingEngineをJRuby1.1がリリースされたのでアップデートしました。
まだこの機能は実験段階なのですが、とりあえず簡単な繰り返し作業などをやらせたい場合などには使えると思います。起動のオーバーヘッドが大きいため、初回起動時には結構時間がかかりますが、気長にお願いします。あらかじめBioRuby1.2.1も組み込んであります。
こちらからサンプルなどをダウンロード可能です。
http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/ScriptingPlugins
Cytoscape 3.0では、基本機能としてサポートしたいと思いますので、これに関する機能のリクエストやアイデアなどありましたらぜひお知らせください。現在のところ、Rubyの他にも、JavaScript, Pythonをサポートする予定です。
