2008年02月27日

Web Service BioHackathon 2008

六本木ヒルズとお台場で行なわれたBioHackathon 2008も無事に終りました。

私は、PPI等のネットワークデータベースWebサービスの標準化のグループに参加しましたが、とりあえずはこのHackathonに参加したSTRING, DIP, IntActではPSICQUIC(「サイキック」と発音します)という標準を採用することになりました。これは要するに、PSI-MIフォーマットのデータとしてサービスのプロバイダとクライアントはデータのやりとりをしましょう、ということで、PSI-MIのリーダーがあれば、コードの修整は最小限でクライアントを書けます。Cytoscapeには、ビルトインのPSI-MIリーダーがありますので、これを元にクライアントを書くことにしました。

Cytoscape PSI-MI Style w/OLS annotation

更に、OLSのWebサービスを使って、自動的にアノテーションの解説(データベースの説明や、用語の意味など)をダウンロード出来るような仕組を作りました。これは、PSI-MIに使われるタームが、予めオントロジーとして提議されているため可能になります。例えば、「Y2H」と言う文字列があれば、それは常に実験手法としての酵母ツーハイブリッド法を指し、他のデータベースからWebサービスを用いてダウンロードして来たネットワークデータであっても、PSI-MIであるならば同じ物を指すと言うことを意味します。これにより、データのマージやフィルタリングがより簡単になります。

このHackathonの成果物は、2.6リリース後、サービスプロバイダの方々の順備が整いしだい、共通ネットワークWebサービス・クライアントプラグインとしてリリースする予定です。

ネットワークが発達したとは言え、実際に会って作業を進めることで得られるメリットも多く、非常に有意義なHackathonでした。片山さんを始めとするオーガナイザーの方々には改めて御礼申し上げます。大変だろうとは思いますが、継続して行なわれるといいですねえ・・・
posted by 大野圭一朗 at 11:32| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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