2007年07月09日

Cytoscape + R + Rgraphviz



RとBioconductor内のグラフモデルをCytoscapeに取り込む場合:
  1. > edgeList <- edgeNames(グラフオブジェクト名)
  2. > write(edgeList, "krogan2006.txt", ncol=1)
  3. Cytoscapeでは、File-->Import-->Network from tableからインポート。その際、区切り文字は「〜」に指定。
基本的にはこれだけです。上の図は、ppiDataパッケージ内のKrogan2006BPGraphデータをCytoscapeに取り込んだものです。
posted by 大野圭一朗 at 17:34| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | チュートリアル | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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