2007年07月08日

Cytoscape + R + igraph



Rはあらゆる統計や科学の世界で使われている便利な統計パッケージですが、そこにigraphと言うグラフ関連のライブラリがあります。この中には、複雑ネットワークなどの研究に便利な様々なデータモデルとオペレーションが用意されています。しかしながら、これらはあくまでコマンドラインとバッチ処理を念頭に作られたものなので、インタラクティブな処理には向いていません。そこで、グラフに対する一連のオペレーションや解析をR+igraphで行い、可視化にはCytoscapeを使うと便利です。以下は非常にシンプルな一例:

  1. igraphをロード:
    library("igraph")
  2. Barabasi-Albertモデルでネットワークを作成:
    graph2 <- barabasi.game(10000, power=1)
    (この例では10,000ノードのスケールフリーネットワーク)
  3. ネットワークをテキストデータとしてエクスポート:
    write.graph(graph2, "table2.txt", "edgelist")
  4. CytoscapeでFile-->Import-->Network from Tableよりインポート
  5. Cytoscape内の可視化機能を利用(上はその一例)
これらに加え、更にBioconductorなどのアノテーション機能なども取り入れると更に便利なのですが、それはまた別の機会に。
posted by 大野圭一朗 at 22:30| サンディエゴ ☁| Comment(2) | TrackBack(0) | チュートリアル | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
この記事へのコメント
さまざまなlayoutアルゴリズムの文献リストは,どこを見ればよろしいでしょうか.研究で応用する際に,少しでも特性を知っておきたいのです.よろしく.
Posted by 松田紀之 at 2007年10月30日 11:38
松田様:

基本的に、yLayout以下にある幾つかのアルゴリズム以外は、公開のアルゴリズムですので、アルゴリズム名で検索して頂くと文献に辿り着けると思います。以下のような本がその辺のアルゴリズムについてまとめてあるので便利だと思います:

http://www.amazon.com/exec/obidos/tg/detail/-/0133016153/qid=1089229182/sr=8-1/ref=sr_8_xs_ap_i1_xgl14/103-2475216-1750235?v=glance&s=books&n=507846

英語では、幾つかグラフのレイアウトを含む可視化についての専門書が出ていますので、そういったものの文献リストから辿るのが一番早いと思います。
Posted by Kei at 2007年10月31日 01:30
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