2007年06月25日

Pajekや他のソフトにあって、Cytoscapeに無いもの

ちょっと気が早いのですが、2.6に関することを少々。(できるだけ早めに皆さんの意見を伺いたかったので。)

ネットワーク解析ソフトでは、pajekはかなりポピュラーなもののひとつです。その人気の理由のひとつに、最初から用意されている各種解析機能があります。Cytoscapeでは、解析機能はプラグインで提供するというアプローチだったため、いまひとつどこから始めていいかわからないという意見が聞かれました。そこで、2.6から、解析機能もある程度まとめて最初から提供しようということになりました。ここで言う解析とは、グラフに関する各種オペレーション(最短経路など)、クラスター解析などを含みます。

そこでお願いなのですが、一言でかまいませんので、「このソフトのこんな機能を取り込んで」「pajekのXXという機能が便利だからCytoscapeでも使いたい」といった感じでここのコメント欄に書き込んでいただけますでしょうか?要望のあったものはできる限り実装しますので。

皆さんの意見をお待ちしております。


posted by 大野圭一朗 at 17:19| サンディエゴ ☀| Comment(2) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
この記事へのコメント
いつも楽しくありがたく使わせてもらっております。
要望させていただけるということなので、私も一つお願いさせていただきたいことがございます。

それは・・

電話をよくかける人同士は近くに図示され、たまにしか電話をしない人同士は遠くに図示されるような機能がほしいです。

「重み付き隣接行列」(行列の要素が0および正数の隣接行列)を可視化すると、
重み2のエッジでつながっているノード同士は、重み1のエッジでつながっているノード同士よりも距離短くなるような機能があったらよいなと思います。

ばねモデルでレイアウトしたときに、重み2のリンクは重み1のリンクの2倍の張力で引き合うイメージです。

社会科学方面やテキストマイニング等幅広い分野で応用可能な技術だと思いますので、
ぜひぜひ搭載していただければと思っております。

何卒ご検討いただきますよう宜しくお願い申し上げます。
Posted by Kohei at 2007年12月23日 17:16
koheiさん、
その機能は既に実装されています。
レイアウトメニューのSettings...からSpring embeddedを選択し、エッジの重みを表す属性をメニューから選択、レイアウトを実行してください。
Posted by Kei at 2007年12月24日 00:43
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