2007年06月19日

BioGRID



biogrid_human.jpg

BioGRIDは各種モデル生物のデータベースからインタラクションデータを集めた統合型データベースです。可視化ツールとして、おもいっきりOspreyへのリンクがトップページにありますが、もちろんCytoscapeでも扱えます。IDや遺伝子名から検索し、局所的なインタラクションを取り出すこともできますし、一括ダウンロードも可能です。

上のスクリーンショットは、ヒト関連のインタラクションを一括入力、可視化したもの。数ギガのメモリがあればストレス無く扱える量です。非常にメモリが安くなってきているので、増設にはいい機会かもしれません:-)
posted by 大野圭一朗 at 13:35| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | チュートリアル | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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