2007年06月17日

STRINGデータベース

string_yeast.jpg

前回はアウトプットの一例としてCell Circuitsを紹介しましたが、今回はその逆で、入力に使うデータベースの一例としてSTRINGを紹介します。

このデータベースでは、タンパク質相互作用を網羅的に収集してあるだけではなく、それを洗練されたインターフェースからサーチすることも出来ます。また、Downloadのリンクから、ネットワーク、シーケンス、アノテーションなどのデータを一括ダウンロードすることも可能です。

(上のスクリーンショットは、STRING内の全ての酵母に関するインタラクションをCytoscape2.5で表示したもの。およそ5600タンパク質、40万のインタラクション)


posted by 大野圭一朗 at 21:00| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | チュートリアル | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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