2006年12月15日

Pajekユーザーの方に (その2)

Pajekのネットワークファイル(.net)は、番号を振ったノードに関する情報を前半に、その番号に基づくネットワーク構造(エッジの情報)を後半に、と言う形で保存してあります。前回のエントリーに書きましたように、ネットワーク情報をCytoscapeにロードするのは、後半部分のコピペだけでOKです。では、ノードに関するその他の情報はどうすればいいのか?と言う部分を今回は書いてみます。

ノードに付随する情報は、Cytoscapeではアトリビュートと呼ばれます。アトリビュートの中身は基本的に何でも良く、ノードの形、名前など、必要な情報はすべてアトリビュートとして取り込みます。例を挙げますと、もしソシオグラムを表現するならば、ノードは人間に当たりますので、性別、名前、年齢などがアトリビュートとして考えられます。これがタンパク質相互ネットワークなら、各ノードはタンパク質になるので、各種データベースにおけるそのタンパク質のシンボル、GOのアノテーション、マイクロアレイのデータなどがアトリビュートになります。

Pajekの公式サイトにあるこのサンプルデータの中の1.netというファイルを例に考えてみます。後半のネットワーク構造は、前回のエントリーのようにして取り込み、各ノードの情報は、前半部から最初の列を、アトリビュートをネットワークにマッピングするためのキーとして、残りのものから任意の列を選び、アトリビュートとして取り込みます。.netファイルでは、キーは常に最初に出てくる整数になります。具体的には、一列目をキーとして、あとは前回と同じGUIから、必要な列だけをチェックしてインポートします。

net1.png

上が取り込んだネットワークとアトリビュートを元に描画したグラフです。レイアウトは、yFilesのOrganicレイアウトアルゴリズムを使用しました。厳密にアトリビュートをPajek内で使われた場合と対応させる事も出来ますが、形の情報を色に変換したりであるとか、名前を元にランダムな彩色をするとか、グラフィックスとアトリビュートの対応は自由です。これらは全てGUIからインタラクティブに操作する事も出来ますし、プラグインでアトリビュートを処理して、それをグラフィックスに反映させる事も出来ます。


posted by 大野圭一朗 at 14:59| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | チュートリアル | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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