2006年12月13日

Pajekユーザーの方へ

PajekというWindows用のネットワーク可視化ソフトがあります。社会学の方々にもよく使われているもので、非常に良く出来たソフトウェアなのですが、MacやUNIXでも同じような事をしたいと言う需要も有ると思います。そこで、とりあえず出回っているPajekの.net形式のファイルCytoscapeで描画するにはどうすれば良いのか、と言う事を紹介します。

例えば、Pajekのサイトで公開されているサンプルファイルをCytoscapeで読み込むには、まず"*Edges"以下のデータをスプレッドシートなどにコピーします。

table1.png

これをそのままテキストファイルや、普通のExcel形式のファイル(.xsl)としてセーブします。あとはこれを、2.4からの新機能であるTable Importを使ってロードするだけです

tableimport1.png

一列目をソースノード、二行目をターゲットノードとしてインポートすると、基本的なネットワークが出来上がります。あとはCytoscapeの強力なレイアウトアルゴリズムや、VizMapperを使って好きなように加工できます。
   
graph1.png graph2.png graph3.png

Rであるとか、その他の解析ソフトのアウトプットを適当なテキストファイルにしてこのように描画する事も出来ますし、大規模な解析には、その用途に特化したプラグインを書く事により自動的にこのような描画を行う事も出来ます。

とりあえずテキストやExcelでデータを作れば、基本的に何でもインポートできますので、色々試してみてください。

posted by 大野圭一朗 at 17:09| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | チュートリアル | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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