2006年07月20日

とりあえず使ってみましょう

とりあえずCytoscapeがどんなものかを知るために、サンプルファイルを見てみましょう。
メニューのFile-->Openを選択すると、セッションファイルを選択する画面になります。セッションファイルとは、Cytoscape2.3から導入されたファイル形式で、基本的にはZipファイルです。その中に、ネットワーク、アトリビュート、各種設定などのファイルがまとめて入っています。Cytoscapeをインストールしたディレクトリに、sampleDataというディレクトリが出来ていますので、その中にあるgalFiltered.cysを選択して開いてください。以下のような画面が表示されるはずです。

session1.png

中央でネットワークを表示している部分をネットワーク・ビュー、右下に表示されているテーブルをアトリビュート・ブラウザと呼びます。ネットワーク・ビューで、右ボタンを押しながらマウスを前後に動かすとズーム、中央ボタンを押しながらドラッグする事でネットワークの表示範囲を移動する事が出来ます。現在ネットワークのどの部分を表示しているかは、左下のウィンドウで確認できます。
左ボタンドラッグで、ノード、エッジを選択すると、それらはアトリビュート・ブラウザに表示されます。そこでブラウザ内の矢印のアイコンをクリックすると、現在どのようなアトリビュート(属性)がメモリ内に読み込まれているのかが分かります。左クリックで属性を選択すると、ブラウザにそれらの値が表示されます。
session2.png

 
サンプルでは、マイクロアレイデータ、GO Term、種などの属性がネットワークに統合されています。これらの属性を元にノードの色や形を決定し、ネットワークの特性を視覚的に確認する事も可能です。この属性を元に、ネットワークのグラフィックスを操作する機能をVizmapperと呼びます。次のセクションでは、Vizmapperの基本操作を見てみます。


posted by 大野圭一朗 at 15:19| サンディエゴ ☁| Comment(8) | TrackBack(1) | チュートリアル | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
この記事へのコメント
はじめまして。マイクロアレイ解析結果から、生物学的意味を模索するためにCytoscapeを利用させていただこうと考えています。そこで、Cytoscape Online Tutrialを試していていくつか質問があります。
このような質問をこの場をかりて良いものかどうか判断がつきませんので、今回、一つだけ質問させていただきます。不適切でしたら削除願います。

質問
・Tutrial終了後ファイルを保存(cysファイル)し、再度そのファイルを開こうとする(File→Open)とエラーがでます。エラーの詳細は「ファイルが見つかりません」です。Tutrialで使用したファイル以外(AgilentLiteratureSerchで構築したネットワーク)でも同様のエラーがでます。ファイルの保存先は任意で作成したフォルダ( Cytoscape、JavaのプログラムはC:、cysファイルはD:)です。
解決方法(?)、ご教授お願いできないでしょうか?
説明が足りない場合はご指摘下さい。
どうかよろしくお願いします。
Posted by patho at 2007年01月16日 15:25
pathoさん:

もう暫くしたら正式なサイトに移行しますが、質問も今のところここで大丈夫ですよ。

さて、質問の件ですが、お使いになっているバージョンはどれでしょうか?

それから、ネットワークの名前を右クリックして、名前を変更(絶対パスを削除)してもだめでしょうか?
Posted by Kei at 2007年01月17日 03:00
keiさん

ご返答ありがとうございます。

>>使っているバージョン
前日まで2.32, 2.2の両方を、チュートリアル(プラグインに)に合わせて使っていました。

>>ネットワークの名前を右クリックして
本日2.40をDLし、試してみましたが駄目でした。
2.32, 2.2でも全く同じメッセージが出る為、基本的な何かを間違えているような気がします。。
エラーの詳細ですが、
java.io.FileNotFoundException: D:\Patho$ (指定されたファイルが見つかりません。)
というメッセージが最上層で、以下10下層あり、
cytoscape.task.util.TaskWrapper.run(TaskManager.java:125)
が最下層のメッセージになります。

何か考えられる原因はありますでしょうか?
Posted by Patho at 2007年01月17日 17:59
Pathoさん:

申し訳ありません。
チュートリアルはかなり情報が古くなっていまして、
最新版ではうまく動かないパートもあります。
よろしければ、何をしたあとにセーブできないのか教えて頂けますか?
Posted by Kei at 2007年01月22日 01:57
keiさん

すばやいご回答に対して、お返事遅れて申し訳ありません。

セーブに関する問題は解決しました。
実は、ver.2.40にて、
↓File
↓Export
↓Network and attributes as XGMML
が私のやりたかったことです。
SaveとExportの違いが理解できていなかっただけでした。
お手数おかけ致しました。
Posted by patho at 2007年03月11日 15:00
続けて質問があります。

Cytoscape ver.2.40を使用しています。
JavaはJRE5.0をインストールしています。
OSはWindowsXPです。

KEGG, Reactomeのネットワークがロードできません。

BioPAXホームから、KEGGのowlファイルをDL後、
↓File
↓Import
↓NetWork(multiple file type)
↓owlファイルの選択
Loading Network と進むのですが、
Status: Creating Cytoscape Network...
から先、一向に進みません。

どのような原因が考えられますでしょうか?
Posted by patho at 2007年03月11日 16:50
すいません。追記です。

ちなみにCytoscape ver2.32では
↓Plugins
↓Import BioPAX document from file
で、同.owlファイル(KEGG)のロード可能です。

また、BioPAXホームからDLしたファイル(KEGG)にはファイル名が記載されておらず、どのファイルがどのネットワークに対応しているのかわかりません。
zipファイルも重く、必要なネットワークのみをDLしたいのですが、方法がわかりません。
Posted by patho at 2007年03月11日 17:55
pathoさん:

遅くなって申し訳ないです。
具体的にはどのファイルがロードできないのか教えていただけますか?

現在、KEGGはまだBioPAXのサポートは完全ではないようなので、今のところはKGML中心でシステムが構築されています。ですから、名前からブラウジング、BioPAXファイルをダウンロードすると言ったことは未だ出来ません。

将来的には、プラグインを利用して、統一されたユーザーインターフェースから公共データベースのPathwayデータをダウンロード、表示、解析を行なえるようにする予定です。そのための第一歩として、現在

http://www.pathwaycommons.org/pc/

ここをCytoscapeから利用できるようにするプラグインを制作中です。BioPAXの中心メンバーがCytoscapeに深く関わっていることもあり、Pathwayの記述フォーマットとしてはBioPAXを中心にサポートを行ないます。KEGGも出来るだけサポートしたいのですが、独自フォーマットのため、なかなかサポートが進まないと言うのが現状です。
Posted by Kei at 2007年03月29日 05:44
コメントを書く
お名前: [必須入力]

メールアドレス:

ホームページアドレス:

コメント: [必須入力]

認証コード: [必須入力]


※画像の中の文字を半角で入力してください。

この記事へのトラックバック

アイコン
Excerpt: アイコンアイコンは、物事を絵で簡単にあらわそうとするもの。 コンピュータ上のアイコンは、絵だけで意味がわかることは多くなく、何らかの形で説明のための語がついているものが多い。 英語圏で漢字のような..
Weblog: コンピューターグラフィックス
Tracked: 2006-08-13 15:16
×

この広告は180日以上新しい記事の投稿がないブログに表示されております。