2010年06月28日
PerlからCytoscapeを利用する
CytoscapeRPCと言うプラグインがありますが、これを利用することによりPerlスクリプトからCytoscapeを操作することができます。
簡単なはじめ方
独自ビルド版(依存関係も一緒にパックしてあります)をダウンロードしてpluginsフォルダにコピーする
cytoscapeRPC.jar
Cytoscapeを起動し、PluginメニューからCytoscapeRPC-->Activate Cytoscape RPCを選択する。ポート番号はそのままで構いません。
スクリプトを実行する前に、予めCPANからFrontier::RPC2をインストールしてください。
この状態で様々なメソッドをPerlから呼び出すことができます。サンプルコードはこちらにありますので、色々修正しながら試してみてください
https://wiki.nbic.nl/index.php/CytoscapeRPCPerlExample
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最近Cytoscapeを使いはいじめたのですが、私は化学構造の類似性に基づくネットワーク解析を行いたいのです。
CytoscapeにSmilesを読み込んでChemVizなどを使いネットワーク作成をしたいと思ったのですが、読み込みがうまくできません
Editorにてノードを一個一個作ってSmilesを割り当てればできるのですが非効率的です。
エクセルなどからインポートするほううがありましたら宜しくご教示ください。