PerlからCytoscapeを利用する

CytoscapeRPCと言うプラグインがありますが、これを利用することによりPerlスクリプトからCytoscapeを操作することができます。

簡単なはじめ方

独自ビルド版（依存関係も一緒にパックしてあります）をダウンロードしてpluginsフォルダにコピーする

cytoscapeRPC.jar

Cytoscapeを起動し、PluginメニューからCytoscapeRPC-->Activate Cytoscape RPCを選択する。ポート番号はそのままで構いません。

スクリプトを実行する前に、予めCPANからFrontier::RPC2をインストールしてください。

この状態で様々なメソッドをPerlから呼び出すことができます。サンプルコードはこちらにありますので、色々修正しながら試してみてください

https://wiki.nbic.nl/index.php/CytoscapeRPCPerlExample

Comments

はじめまして。
最近Cytoscapeを使いはいじめたのですが、私は化学構造の類似性に基づくネットワーク解析を行いたいのです。
CytoscapeにSmilesを読み込んでChemVizなどを使いネットワーク作成をしたいと思ったのですが、読み込みがうまくできません
Editorにてノードを一個一個作ってSmilesを割り当てればできるのですが非効率的です。
エクセルなどからインポートするほううがありましたら宜しくご教示ください。

Posted by serizawa at 2010年11月11日 23:43