2010年04月08日

Cytoscape 2.7がリリースされました

お待たせいたしました。Cytoscapeの最新版であるバージョン2.7がリリースされました。先にお知らせした新機能追加以外にも、たくさんのバグ修正を含んでおりますので、ぜひアップデートしてみてください。

不具合などありましたら、日本語のメーリングリストか、私の方へ直接どうぞ。





The Cytoscape team is proud to announce the release of Cytoscape 2.7!  This
release includes some exciting new features:

 * Nested Networks: A node may now have a reference to another Network,
which allows us to capture the relationships between networks in networks
themselves.
 * CyCommandHandlers: Addition of a mechanism to the core to provide
inter-plugin communication.
 * New Edge Types: Several new edge types between solid and dashed have been
added.
 * Newlines and list editing in attribute browser: The attribute browser has
been updated to allow newline characters to be added by pressing the "Enter"
key. List editing is now also enabled.
 * Automatic label wrap: A new visual property has been added that sets the
width of a label. Any label extending beyond this width will be
automatically wrapped.
 * Arrow color optionally locked to edge color: Arrow color may now be bound
to the edge color by checking a box in the Dependencies pane of the Default
Appearance Browser in the VizMapper, which avoids the necessity of creating
separate-yet-identical mappings for edge, source, and target arrows.
 * BioPAX Level 3 support.

You can get the release here: http://cytoscape.org


posted by 大野圭一朗 at 12:02| サンディエゴ ☀| Comment(4) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
この記事へのコメント
はじめまして。

Cytoscapeをインストールしたときに付属するjarファイルを使って、自分でグラフを描画するプログラムを作っています。大野さんが公開しているcomplete_graph.jsとCytoscapeのJavaDocを元に作成しているのですが、どうしても描画できません。コードの問題点を教えていただけないでしょうか? ノードとエッジが追加されたnewNetworkを描画する部分が間違っていると思うのですが。

public static void main(String[] args) {

FingCyNetwork newNetwork = (FingCyNetwork) Cytoscape.createNetwork("Complete Graph 1");

ArrayList<CyNode> nodes = new ArrayList<CyNode>();

for (int i = 0; i < 10; i++) {
String nodeName = "Node " + i;
nodes.add(newNetwork.addNode(Cytoscape.getCyNode(nodeName, true)));
}

for (int i = 0; i < 10; i++) {
for (int j = 0; j < 10; j++) {
if (i != j) {
CyEdge edge = Cytoscape.getCyEdge(nodes.get(i), nodes.get(j),
"interaction", "pp", true);
newNetwork.addEdge(edge);
}
}
}

CyNetworkView view = Cytoscape.createNetworkView(newNetwork, "test", null, null);
Cytoscape.getCurrentNetworkView().redrawGraph(false, true);

view.updateView();


}

コードは以上です。
よろしくお願いします。
Posted by いどう at 2010年06月21日 05:28
管理人の大野です。
現在、JavaでCytoscape用のプラグインを開発なさっていると言う事でしょうか?出来ればもう少し詳しい内容を、日本語メーリングリスト(cytoscape-discuss-j)の方に投稿してもらえますか?

よろしくお願いします。
Posted by Kei at 2010年06月22日 06:44
お返事ありがとうございます。

プラグインを開発しているわけではありません。

google social graph APIのデータをcytoscapeのライブラリを利用して可視化するJavaプログラムを作ろうとしています。cytoscape上で動作するのではなく、単体のアプリケーションとして作ろうとしています。

そのために、とりあえずノード数が10個くらいのグラフを作成して描画してみようとしています。

plugin_developer_tutorial
http://bit.ly/9s19FT

このページも参考にしているのですが、プラグインとして動作するサンプルはあっても単体で動作させるためのサンプルがないようです。

この質問はメーリングリストに投稿してもよいものでしょうか?

それではよろしくお願いします。
Posted by いどう at 2010年06月27日 06:44
投稿が失敗するのでテスト投稿です。
Posted by いどう at 2010年06月27日 07:10
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