PerlからCytoscapeを利用する

CytoscapeRPCと言うプラグインがありますが、これを利用することによりPerlスクリプトからCytoscapeを操作することができます。

簡単なはじめ方

独自ビルド版（依存関係も一緒にパックしてあります）をダウンロードしてpluginsフォルダにコピーする

cytoscapeRPC.jar

Cytoscapeを起動し、PluginメニューからCytoscapeRPC-->Activate Cytoscape RPCを選択する。ポート番号はそのままで構いません。

スクリプトを実行する前に、予めCPANからFrontier::RPC2をインストールしてください。

この状態で様々なメソッドをPerlから呼び出すことができます。サンプルコードはこちらにありますので、色々修正しながら試してみてください

https://wiki.nbic.nl/index.php/CytoscapeRPCPerlExample