2010年06月28日
PerlからCytoscapeを利用する
CytoscapeRPCと言うプラグインがありますが、これを利用することによりPerlスクリプトからCytoscapeを操作することができます。
簡単なはじめ方
独自ビルド版(依存関係も一緒にパックしてあります)をダウンロードしてpluginsフォルダにコピーする
cytoscapeRPC.jar
Cytoscapeを起動し、PluginメニューからCytoscapeRPC-->Activate Cytoscape RPCを選択する。ポート番号はそのままで構いません。
スクリプトを実行する前に、予めCPANからFrontier::RPC2をインストールしてください。
この状態で様々なメソッドをPerlから呼び出すことができます。サンプルコードはこちらにありますので、色々修正しながら試してみてください
https://wiki.nbic.nl/index.php/CytoscapeRPCPerlExample