Cytoscapeを利用した論文の例

Cytoscapeを使ってみたいが、どのような利用例があるか？と言う質問をしばしば受けるのですが、論文の中にはCytoscapeの事を引用してあったりしてなかったりで、若干PubMed等で検索しにくいものもあります。利用例として、最近の論文を少しだけあげてみます。

以下の論文は、ナラプロテクノロジーズ社のテキストマイニング技術とCytoscapeを利用した、最近発表された日本の研究者による論文の例です。

IQGAP1 and vimentin are key regulator genes in naturally occurring

hepatotumorigenesis induced by oxidative stress.

Tsubota A, Matsumoto K, Mogushi K, Nariai K, Namiki Y, Hoshina S, Hano

H, Tanaka H, Saito H, Tada N.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20015863

A preliminary approach to creating an overview of lactoferrin

multi-functionality utilizing a text mining method.

Shimazaki KI, Kushida T.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20195886

Cytoscape開発に関わっているチームが最近出した論文でも、ネットワークの可視化とデータ統合部分では、ほぼすべてCytoscapeを利用していますので、参考にしてみてください。

The genetic landscape of a cell

Science. 2010 Jan 22;327(5964):425-31.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20093466

Genome Res. 2010 Feb;20(2):190-200. Epub 2009 Dec 9.

Bayesian network analysis of targeting interactions in chromatin.

van Steensel B, Braunschweig U, Filion GJ, Chen M, van Bemmel JG, Ideker T.

PLoS Genet. 2009 Dec;5(12):e1000782. Epub 2009 Dec 24.

Genome-wide association data reveal a global map of genetic interactions among protein complexes.

Hannum G, Srivas R, Guénolé A, van Attikum H, Krogan NJ, Karp RM, Ideker T.

Nature. 2010 Feb 11;463(7282):813-7.

Human host factors required for influenza virus replication.

König R, Stertz S, Zhou Y, Inoue A, Hoffmann HH, Bhattacharyya S, Alamares JG, Tscherne DM, Ortigoza MB, Liang Y, Gao Q, Andrews SE, Bandyopadhyay S, De Jesus P, Tu BP, Pache L, Shih C, Orth A, Bonamy G, Miraglia L, Ideker T, García-Sastre A, Young JA, Palese P, Shaw ML, Chanda SK.

 
 
 

Google Summer of Code 2010に参加します

今年も無事Googleの方に受理されましたので、CytoscapeもGoogle Summer of Codeのメンター組織として参加します。詳しい事は、以下のページをご覧ください。

http://code.google.com/intl/ja/soc/

プロジェクトのアイデアは以下の様なものがあります

http://socrates2.cgl.ucsf.edu/GenMAPP/wiki/Google_Summer_of_Code_2010

学生の方々には非常に良い経験になると思いますので、是非挑戦してみてください。

応募期間が３月２９日から４月９日までと非常に限られているので、参加を考えている方は今すぐ準備を！

Cytoscape 2.7 Betaテスト中です

かなり長いブランクがありましたが、Cytoscapeの新バージョン2.7を間もなくお届けできる予定です。今回の目玉機能としては、ネットワークの階層構造のサポートがあります。端的に言えば、「ネットワークのネットワーク」を作る事が出来る機能で、ネットワークを内包するノードには、ちゃんとそのネットワークの構造をレンダリングして表示する事が可能です。

現在ベータテスト中ですので、こちらからダウンロードして問題点等あればご連絡ください。

http://chianti.ucsd.edu/Cyto-2_7-beta/