2009年04月21日

Google Summer of Code 2009 採用プロジェクト

と言う訳で、Googleの方から正式発表になりました。

http://socghop.appspot.com/org/home/google/gsoc2009/genmapp

(カッコ内はメンター名)

  • Kozo Nishida Processing-Based New Visualizer for Cytoscape 3 (Keiichiro Ono)
  • Chinmoy Bhatiya Phylogenetic tree plugin for Cytoscape (Peng-Liang Wang)
  • Xuemin Liu Superpathways in Cytoscape (Thomas Kelder)
  • Chetan Bansal Ontologies for Wiki Pathways (Alexander Pico)
  • JIANJIONG GAO ID Mapper, Network Merger and Pathway Merger (David States)
  • Adem Bilican Biopax plugin(import, layout, export) for PathVisio (martijn van iersel)
  • Yan Jie, freddy Chua From Enrichment to Gene Networks (daniele merico)
  • Gerardo Huck Cytoscape GPU Assisted Graph Layout Plugin (Daniel Abel)
  • Stephen Federowicz CyAnimator: A general purpose animation tool for Cytoscape (Scooter Morris)
  • Srinivasarao Vundavalli Integrated data mining in Cytoscape 3.0 (Maital Ashkenazi)

以上の10名が参加することになりました。今年は初の日本人参加者も居ます。Cytoscape 3をベースに開発を行いますので、安定した機能として皆さんに使っていただけるのはちょっと遅くなるかもしれませんが、Processingをベースにした三次元やアニメーションも含んだ可視化エンジン、CUDAとC言語を使ったレイアウトアルゴリズムの高速化など、面白いプロジェクトが揃ったと思うので、ここでまた進捗状況を報告していきたいと思います。
posted by 大野圭一朗 at 10:17| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2009年04月18日

Cytoscape 3の概要 (はじめに)

スケジュール的にはずいぶんと遅れが出てしまっているCytoscape 3ですが、開発は日々続いています。基本的なデザインはずいぶん前に出来上がって、今はそれをひたすら動くようにコーディングしているところです。

今回のバージョンアップは、今までとは全く違うレベルのものです。具体的には、内部的な構造をすっかりデザインし直してあります。そこで、これから暫く、どんなところが変わるのかを少しずつ紹介して行きたいと思います。

主な変更点は以下の通りです:

  • OSGiフレームワークをベースにしたシステム全体のプラグイン構造化
  • 新しいグラフのデータモデル
  • レンダリング部分の切り離し
  • 複数のレンダリングエンジンのサポート
  • スクリプト言語の標準サポート
  • コマンドラインやサーバーサイドでの実行のためのモジュール化

各機能の詳細については順次書いていきますので少々お待ち下さい。
posted by 大野圭一朗 at 13:10| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Google Summer of Code 2009の参加者が決定しました

Google Summer of Codeに応募してくださった方々、どうもありがとうございました。
採用プロジェクトも決定し、メンターの割り当ても決まりました。

正式な発表は月曜日の正午にGoogleのホームページで行われますので、こちらをご覧下さい。
posted by 大野圭一朗 at 11:49| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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