2009年03月19日

Google Summer of Code 2009に参加します

無事審査を通過して、今年もGoogle Summer of CodeにCytoscape/GenMAPP/Wikipathwaysとして参加することになりました。

http://socghop.appspot.com/org/show/google/gsoc2009/genmapp

我々が考えているアイデアのリストは以下のような感じですが、これに捕われず、色々なアイデアを募集しますので、参加をお考えの方はそろそろ準備を始めてみてください。

https://socrates2.cgl.ucsf.edu/GenMAPP/login/wiki/Google_Summer_of_Code_2009
タグ:GSoC open source
posted by 大野圭一朗 at 09:13| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2009年03月11日

BioHackathon 2009に参加します

今年もbiohackathon 2009が開催される事になり、私も参加させていただける事になりました。初日から最後まで参加しますので、参加される方は会場でお会いしましょう。

http://hackathon2.dbcls.jp/attachment/wiki/Poster/biohackatho2009-poster.png

シンポジウムの方はどなたでも参加出来ますので、Web Serviceを使ったライフサイエンス系サービスの連携に興味のある方はぜひどうぞ。

http://hackathon2.dbcls.jp/wiki/Symposium
posted by 大野圭一朗 at 16:48| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

JRubyによるスクリプトの例

kozo_niさんによるCytoscape用のJRubyスクリプト機能を使ったサンプル:

http://d.hatena.ne.jp/kozo-ni/20081123#1227450737

KEGG APIを利用してネットワークにアノテーションを追加するスクリプトです。

Cytoscape 3からは、スクリプト機能を標準で搭載したいと思いますので、今後はこういったスクリプトを共有する為に、我々のサイトに投稿出来る仕組みも作成する予定です。
タグ:JRuby cytoscape
posted by 大野圭一朗 at 16:42| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Cytoscape 2.6.2をリリースしました

少々遅くなりましたが、Cytoscapeの最新版である2.6.2をリリースしました。特に機能の追加などはないバグフィックス版ですので、全ての利用者の方にアップデートを推奨します。

ダウンロードはこちらからどうぞ。
posted by 大野圭一朗 at 16:32| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Google Summer of Code 2009

すっかり更新が滞っていましたが、Cytoscape自体は相変わらず開発が進んでおります。

さて、今年もGoogle Summer of Codeの季節がやって来ました。まだ正式決定ではありませんが、我々もまた参加すべくGoogleの方に書類を提出した所です。

審査を無事通過出来る事を祈りつつ、学生の皆さんでバイオインフォマティクス系の開発に興味のある方は、以下のリストなども参考にして、面白いプロジェクト案を考えてみてください。

http://socrates2.cgl.ucsf.edu/trac/GenMAPP/wiki/Google_Summer_of_Code_2009
タグ:open source GSoC
posted by 大野圭一朗 at 16:28| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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