2008年07月24日

ISMB 2008 Visual Reflections On Science

ISMB 2008で行なわれたVisual Reflections On Scienceというイベントに、私がCytoscapeで作ったヒトのインタラクトームのイメージが展示されています。

リンクが壊れているようなので、右クリックでダウンロードするとフルサイズの画像が見られます。

http://www.iscb.org/ismb2008/vrsimages.php
http://www.iscb.org/ismb2008/ismb2008_includes/images/vrs/3226_vrs_arc.jpg
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2008年07月22日

Cytoscape Retreat 2008 in Toronto無事終了しました

Cytoscape Retreat 2008は無事終了しました。後ほど詳しいレポートを書きますが、今回は日本から参加してくださった方も居て、有意義な四日間を過ごす事が出来ました。

Cytoscape 3への道のりはなかなか険しそうですが、私は、今後はほぼフルタイムで3の開発に入ります。比較的新しい技術を用いて構築しようとしているため、私自身も勉強の毎日ですが、Cytoscapeと言うアプリケーションで完結するのではなく、他の様々なプロジェクトと協力、流用可能なものを目指しますので、ご期待ください。
posted by 大野圭一朗 at 15:34| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年07月17日

ICSB 2008での発表

今年のICSB 2008では、Cytoscapeのブースが設けられますので、興味がある方は立ち寄ってみてください。

http://www.icsb-2008.org/
posted by 大野圭一朗 at 22:24| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年07月11日

Cytoscape RetreatとISMB 2008

Cytoscape Retreatは来週から始まりますが、まだ若干席が残っていますので、一部だけでも参加してみたい方は、以下のリンクからご登録下さい。

http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/CytoscapeRetreat2008

先の記事にも書きましたが、ISMB本体でも、ワークショップとユーザーミーティングがありますので、是非ご参加下さい。そして、これらに関連して、BioPAXのミーティングもありますので、Pathway情報の相互利用に興味のがある方はこちらもどうぞ。


http://www.iscb.org/ismb2008/bof.php

Monday, July 21
Sharing Biological Pathway Information (e.g. BioPAX)

Leader: Gary Bader


Monday, July 21 - 12:45 p.m. - 2:00 p.m.

Room: 718B


Description: This BOF is aimed at pathway data providers and users for discussion about sharing biological pathway

information. Discussion will include the BioPAX (www.biopax.org) pathway exchange format, pathway data registries and author data entry systems.

posted by 大野圭一朗 at 02:41| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

ISMB 2008でのワークショップとユーザーミーティング

Cytoscape Retreatは、ISMBの前に行なわれますが、ISMBの中でも、ユーザーミーティングとワークショップが開催されます。

BoF(ユーザーミーティング)が20日、日曜日午後12:45から、ワークショップが23日、水曜日の午前10:45から、始まりますので、興味のある方は是非どうぞ。

残念ながら私は参加できませんが、コアディベロッパーが直接質問にお答えします。




http://www.iscb.org/ismb2008/bof.php


Sunday, July 20

Cytoscape User Group

Leader: Gary Bader


Sunday, July 20 - 12:45 p.m. - 2:00 p.m.


Room: 701B


Description:
Cytoscape is free, open-source software for network visualization and
analysis. Users and plugin developers are invited to join core
developers for Cytoscape discussion.




http://www.iscb.org/ismb2008/workshops.php


Workshop 2: Cytoscape


Wednesday, July 23 - 10:45 a.m. - 12:40 p.m.


Room 715


Presenters: Various


Cytoscape: An Open-Source Platform for Network Analysis and Visualisation


Allan Kuchinsky, Piet Molenaar, Scooter Morris, Alex Pico, Yeyejide Adeleye, David States, Gary Bader


Cytoscape (http://www.cytoscape.org)
is an open-source software package for the visualisation and analysis
of biological networks and the integration of molecular state data.
Cytoscape provides functionality to layout and search networks; to
visually integrate networks with expression profiles, phenotypes, and
other molecular states; and to link to databases of functional
annotations. In this demo we will provide an introduction to the core
functionality of Cytoscape and network-based analysis that will be of
relevance to researchers with an interest in the analysis of biological
data in the context of biological networks and pathways. Various
plugins will also be demonstrated, such as MiMI (Poster K15) and
Pathway Commons (Poster R66)


GenePro: a Cytoscape Plug-in for Advanced Visualization and Analysis of Interaction Networks


Jim Vlasblom, Shuye Pu, and Shoshana J. Wodak. Hospital for Sick Children, and Departments of Biochemistry and Molecular Genetics, University of Toronto, Toronto Canada. http://Wodaklab.org


GenePro
features a set of versatile tools that greatly facilitates the
visualization and analysis of protein networks derived from high
throughput interactions data and the validation of various methods for
parsing these networks into meaningful functional modules. Availability:
The GenePro plugin is available for download at:
http://genepro.ccb.sickkids.ca


Interactive analysis of metabolic pathways, their enzymes and metabolites


Brian Turner, Steve Constable, Zahrah Kahlid, Koji Ogata and Shoshana J. Wodak


Departments of Biochemistry and Molecular Genetics, University of Toronto, Toronto Canada. http://Wodaklab.org


We will demonstrate new Plug-in enabling interactive analyses of metabolic
pathways. Pathways imported using the BioPax format are displayed and
interactively queried for information on metabolites (chemical
structure and 3D conformation), and enzymes (Go annotations, domain
structure and architecture, sequences information, homologs, 3D
structure (PDB), SCOP classification etc.). Information on enzymes is
obtained from the iProClass database using XML-based query tools.

posted by 大野圭一朗 at 02:33| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年07月09日

OSGi + Spring Dynamic Modulesの記事をアップデートしました

こちらに、OSGiとSpringを利用するチュートリアルを書きました。将来的にプラグインを書いてみたいとお考えの方は御一読下さい。
posted by 大野圭一朗 at 11:45| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年07月02日

Cytoscape 3とOSGi + Spring Framework

Cytoscapeは、現在メジャーバージョンアップ作業を始めたところで、次期バージョンの3では、大幅な設計の変更が行なわれます。そこではOSGiという技術を使うのですが、なかなか分かりにくい分野でもあるため、少しずつチュートリアル的なドキュメントを整備していこうと思います。こちらの方に書きためて行き、いずれしっかりとまとめたいと思います。ここを理解しないと次のバージョンではプラグインを書くのは困難になりますので。

ただ、この技術を使うことにより、CytoscapeのプラグインをRuby等で書くことも可能になります。そのあたりの仕組とやり方も徐々に書いて行きます。
posted by 大野圭一朗 at 10:22| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Cytoscape Retreat

Cytoscape Retreatが近づいてきましたが、もちろん私も参加します。会場で見かけましたら気軽に声をかけてください。
ラベル:cytoscape
posted by 大野圭一朗 at 10:15| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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