Google Summer of Codeの審査結果

Google Summer of Codeの件ですが、審査の結果、以下のプロジェクトが採用されました：

http://code.google.com/soc/2008/genmapp/about.html

残念ながら、日本からのプロジェクトは採用されませんでしたが、もしGoogle Summer of Code以外のプロジェクトとして独自に実装してみようと思っている方は、ご連絡いただければ、ある程度のアドバイスなどは行なえると思います。メンターの数とGoogleからの割り当てられた枠の数の制限がありますので、迷いながらも採用できなかったプロジェクトもあります。オープンソースプロジェクトですから、いつでもコードをコミットして下さる方は歓迎しますので、何らかの形で今後もCytoscapeに関わっていただければ幸いです。

Google Social Graph APIでTwitterを可視化するJavaScriptのアップデート版

Google Social Graph APIでTwitterを可視化するJavaScriptを先日書きましたが、何が役に立つのかよく分らないと思いますので、少しだけ書き直しました。followしている、されているの関係もアトリビュートとして取りこまれています。各ページへは、アトリビュートブラウザのURLをクリックしていただければジャンプできます。その引っ張って来たデータを元にした可視化の一例が上の図です。ハブが誰かよく分ると思います。

オリジナル画像は、こことここにあります。スクリプトはこのページの下の方にあります。

汚いコードなので真似しないようにお願いします（笑）。要するにスクリプトなら汚くても、データをネットから引っ張って来るくらいはすぐに出来ます、と言うことです。

CytoscapeをRubyコンソールから操作できるようにしました

RubyScriptingEngineを0.03にアップデートしたのに伴い、jirbを使って、コマンドラインからインタラクティブに操作できるようにしました。基本的に、Cytoscapeの全APIにRubyコンソールからアクセスできます。GUIでカチカチやるにはめんどくさい、もしくはそもそもそんな機能は無いと言う場合に、数行のrubyコードを書いて解決したい、と言う方に最適です。

ただし、まだ実験段階なので、巨大スクリプトライブラリを書こうとかは考えないようにお願いします（笑）。今はあくまでも、「小物作り」もしくは「ルーチンワークの自動化」等にお使い下さい。

Cytoscape Retreat 2008 in Tronto, Canada ヘのお誘い

毎年恒例のCytoscape Retreat(開発者会議兼、ユーザーミーティング、そしてシンポジウム)が今年はカナダのトロントで行なわれます。今回は独立した開催ではなく、ISMB2008やYeast Meetingに時期を合わせて行なわれますので、日本からの方も、少しだけ滞在を延ばして参加してみませんか？
詳しくは以下のページをご覧下さい。

http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/CytoscapeRetreat2008

今年は、シンポジウムは他の学会に譲るとして、ユーザーと開発者の交流やディスカッションに重点を置いたものになる予定です。

スケジュール的には、

• Cytoscape Retreat - July 16-19, 2008
• BOSC 2008 - July 18-19, 2008
• ISMB - July 19-23, 2008
• Yeast meeting - July 22-27, 2008

と言う感じになっているので、7月の半ばから下旬をトロントで過ごせば、かなり色々な学会に参加可能です。トロントでお待ちしております。

Google Social Graph APIでTwitterを可視化するJavaScript

生物学と全く関係ないので恐縮ですが、生物学者以外の方も使ってくださっているようなので、一つ簡単なスクリプトの例を。こちらの例は、Twitterで私がfollowしている方々を、JavascriptエンジンとGoogle Social Graph APIを使ってCytoscape上で可視化したものです。いちいちプラグインを書くのは大げさだな、と言う場合には、今回公開したJavaScriptやrubyのスクリプト機能を使うと便利です。クローラーとフィルターをスクリプトで実装して、まとめてCytoscapeに取り込む、と言った使い方が便利かもしれないです。

いくつかサンプルをアップしておきましたので、エディタでいじりながらお使いください。あまり考えずに適当に作ったものばかりなので汚いですが、こういう汚くてもとりあえず結果が欲しい、と言う場合にお使いください。

http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/ScriptingPlugins

JavaScriptEngine Pluginをリリースしました

Rubyに引き続き、JavaScriptをサポートするプラグインも作ってみました。
細かい作業を自動化するときなどに使ってみて下さい。Plugin Managerからインストールできます。

Cytoscape 2.6.0の新機能 1： Web Serviceクライアントマネージャ

Cytoscape 2.6.0から、各種Webサービスヘの接続を監理する機能が付きました。メジャーなデータベース、例えば、NCBI Gene、BioMartといったものは、外部にAPIを公開していて、そこへアクセスするプログラムを作製することにより、容易にデータを取得することが出来ます。今回のリリースでは、NCBI Gene, Pathway Commons, IntAct, BioMart, PICRをサポートしました。これにより、各種ネットワークデータやアノテーションを上の例のようなユーザーインターフェースを使い、簡単にインポートすることが可能です。

英語ですが、簡単な解説はこちらにありますので、ご一読下さい。

http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/SampleWebServiceClients
http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/WebServiceWorkflow

Ruby Scripting Engine Pluginをアップデートしました

Cytoscapeの機能をスクリプト言語からコントロールできるRubyScriptingEngineをJRuby1.1がリリースされたのでアップデートしました。

まだこの機能は実験段階なのですが、とりあえず簡単な繰り返し作業などをやらせたい場合などには使えると思います。起動のオーバーヘッドが大きいため、初回起動時には結構時間がかかりますが、気長にお願いします。あらかじめBioRuby1.2.1も組み込んであります。

こちらからサンプルなどをダウンロード可能です。

http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/ScriptingPlugins

Cytoscape 3.0では、基本機能としてサポートしたいと思いますので、これに関する機能のリクエストやアイデアなどありましたらぜひお知らせください。現在のところ、Rubyの他にも、JavaScript, Pythonをサポートする予定です。

Google Summer of Codeの採用枠

Google Summer of Codeの採用枠ですが、九つ貰うことが出来ました。巨大なプロジェクトのGnome(24)やEclipse(20)等に比べれば少ないですが、mozilla(11)、ruby(9)と同じくらい割り当ててもらえたと言うことで、一同よろこんでおります。私もメンターとして１人受け持ちますが、かなりしっかりとした学生さんが多いので、誰にするかは非常に悩ましいところです・・・

Cytoscape 2.6.0 リリース

大変遅くなりましたが、Cytoscape 2.6.0をリリースしました。

今回の主な新機能としては、以下のようなものがあります：

• Web Service Client Manager
  • 各種データベースへの接続クライアントを監理する仕組。
  • Webサービス経由でネットワーク、アノテーションのインポートが可能
  • 現在、Pathway Commons, NCBI Entrez Gene, BioMart, IntActをサポート
• アトリビュート・ブラウザからのLinkout(各種データベースのページをメニューから直接開く機能)

この他にも色々ありますが、また後程詳しく書きます。

紹介ページも新しくしましたので、一度ご覧下さい：

http://www.cytoscape.org/features2.php

Google Summer of Codeへの御応募ありがとうございました。

4/7/2008をもちまして、Google Summer of Codeの募集は締め切らせていただきました。日本からも数件応募をいただきました。これから評価を始め、21日に受け入れる学生の方を発表しますので、もう暫くお待ち下さい。6人から9人くらいを受け入れたいと思っています。

Google Summer of Code 受付期間延長のお知らせ

Google Summer of Codeの受付期間が延長されて、4/7迄になりました。まだ時間がありますので、引き続き応募をお待ちしています。