2008年02月29日

Google Summer of Code 2008

今年も、GoogleによるGoogle Summer of Codeが開催されます。私たちのプロジェクトも、まだこれから応募する段階ですが、とりあえずブレインストーミング中です。

正式に決まったらまたお知らせしますので、日本からの参加もお待ちしています
posted by 大野圭一朗 at 06:47| サンディエゴ ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年02月27日

Ruby Scripting Engine for Cytoscape





Cytoscapeでは、Version 3から正式にスクリプト言語をサポートする予定ですが、試験的にRuby言語でスクリプトを実行できるプラグインをVersion 2.6用に公開しています。これは、JRubyというJVM上でのruby実行環境をそのままプラグインに組み込み、RubyからCytoscape内のクラスに直にアクセスできるようになっています。簡単なワークフローをbiorubyなんかと組み合わせて実行する事が出来ます(ちなみにbiorubyもプラグインに予め組み込んであります)。サンプルスクリプトなども近日中に公開しますので、興味のある方は試してみてください。2.6のプラグインマネージャーからインストール出来ます。
ラベル:JRuby ruby java cytoscape
posted by 大野圭一朗 at 14:41| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Web Service BioHackathon 2008

六本木ヒルズとお台場で行なわれたBioHackathon 2008も無事に終りました。

私は、PPI等のネットワークデータベースWebサービスの標準化のグループに参加しましたが、とりあえずはこのHackathonに参加したSTRING, DIP, IntActではPSICQUIC(「サイキック」と発音します)という標準を採用することになりました。これは要するに、PSI-MIフォーマットのデータとしてサービスのプロバイダとクライアントはデータのやりとりをしましょう、ということで、PSI-MIのリーダーがあれば、コードの修整は最小限でクライアントを書けます。Cytoscapeには、ビルトインのPSI-MIリーダーがありますので、これを元にクライアントを書くことにしました。

Cytoscape PSI-MI Style w/OLS annotation

更に、OLSのWebサービスを使って、自動的にアノテーションの解説(データベースの説明や、用語の意味など)をダウンロード出来るような仕組を作りました。これは、PSI-MIに使われるタームが、予めオントロジーとして提議されているため可能になります。例えば、「Y2H」と言う文字列があれば、それは常に実験手法としての酵母ツーハイブリッド法を指し、他のデータベースからWebサービスを用いてダウンロードして来たネットワークデータであっても、PSI-MIであるならば同じ物を指すと言うことを意味します。これにより、データのマージやフィルタリングがより簡単になります。

このHackathonの成果物は、2.6リリース後、サービスプロバイダの方々の順備が整いしだい、共通ネットワークWebサービス・クライアントプラグインとしてリリースする予定です。

ネットワークが発達したとは言え、実際に会って作業を進めることで得られるメリットも多く、非常に有意義なHackathonでした。片山さんを始めとするオーガナイザーの方々には改めて御礼申し上げます。大変だろうとは思いますが、継続して行なわれるといいですねえ・・・
posted by 大野圭一朗 at 11:32| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Cytoscape 2.6 Beta Testing

font_mapping1

遅れていますCytoscape 2.6ですが、現在ベータテスト中です。
日々バグ取りをしていますので、もう暫くお待ちを。
テストに参加して頂ける方は、こちらからナイトリービルドをダウンロードして、不具合があれば、バグトラッカーにリポートして頂くか、私に直にメール下さい。(Build Artifactsと言うリンクからダウンロードできます)
posted by 大野圭一朗 at 11:03| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2008年02月08日

Web Service BioHackathon 2008に参加します




六本木とお台場で開催されるWeb Service BioHackathonに、私もクライアント開発者として参加します。初日はコンファレンス形式で行なわれるので、参加される方がいらっしゃいましたらお気軽に声をかけて下さい。

まだ製作途中ですが、2.6のweb serviceクライアントの機能を使って出来ることを徐々に下のページあたりにアップしていきます。日本語の方も制作予定です。

http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/SampleWebServiceClients
http://www.cytoscape.org/cgi-bin/moin.cgi/WebServiceWorkflow
posted by 大野圭一朗 at 08:18| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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