2007年11月17日

Cytoscape 2.6の新機能: ウェブサービス・クライアントマネージャ




Cytoscape 2.6の開発も佳境に入ってきました。今回は大幅なユーザーインターフェースの変更などはなく、小さめの新機能をいくつか取り入れると言った感じになっています。その中でも比較的大きいのは、各種ウェブサービスへの接続を可能にするウェブサービス・クライアント・マネージャです。基本的に、各種ウェブサービスへのクライアントをラッピングしてCytoscapeに取り込むシンプルな機能なのですが、いくつかのデータベースへの接続をデフォルトでサポートします。上の例は、IntActデータベースへ接続して、クエリをもとに自動的にネットワークを生成するクライアントです。この他にも、NCBI Entrez Gene, Biomart, UniProtKBなどへ接続してデータ(ネットワーク、アトリビュート)を取って来る機能を標準でサポートします。
posted by 大野圭一朗 at 04:35| サンディエゴ 🌁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年11月16日

Cytoscape Retreatでの発表など

retreat3m.jpg retreat2m.jpg retreat1m.jpg

アムステルダムで行われたCytoscape Retreatでは様々な議論や発表が行われましたが、たくさんの新作プラグインも発表されました。今回は始めてのヨーロッパでの開催と言う事もあり、たくさんの開発者に欧州各国から来ていただけました。こちらのページに今回発表されたプラグインの一覧がありますが、非常に便利なものも多いので、色々試してみてください。基本的に無料のものばかりです。

いくつかピックアップしてみますと、

NetworkAnalyzer 2.5




ReConn



GPML Plugin



他にもたくさんあります。まずはダウンロードして使ってみてください。


posted by 大野圭一朗 at 14:33| サンディエゴ 🌁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Google Summer of Code 2007の成果物

gsoc2007-2.jpg

Google Summer of Code 2007ですが、無事に終了し、成果物の方もあがってきています。Cytoscape Retreatにて、そのうちの一人と実際に会ったのですが、セカンドライフの中でしか会った事無い人と実際に会うのは何だか不思議な感じでした。

さて、その成果物の一つ、Enhanced Searchプラグイン。ApacheのLuceneを用いて、様々な条件でネットワーク中のオブジェクトを検索できます。今までは一度に一つの属性に対してしか検索できませんでしたが、これを使えば全ての属性に対して、ワイルドカードや曖昧な条件を使って縦断検索を行えます。非常に便利ですので、ぜひお試しください。
posted by 大野圭一朗 at 14:11| サンディエゴ 🌁| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2007年11月14日

Cytoscape Retreat 2007終了

Cytoscape Retreat 2007 in Amsterdamは、おかげさまで大成功に終りました。今回は講演者にも恵まれ、そして初めてのヨーロッパでの開催と言うこともあり、欧州各国から沢山の方々に参加していただきました。私自身も、今までネット上でしか知らなかった沢山の研究社や開発者に直接お会いできて、大変有意義な時間を過ごすことが出来ました。

今回は、前回にも増して沢山のプラグインが発表され、Cytoscapeのコミュニティが確実に成長していることを実感することが出来ました。

残念ながら日本の方にはお会いできなかったのですが、来年はカナダのトロントで夏頃開催される予定ですから、日本からのご参加もお待ちしております。詳細については追ってこちらで連絡いたします。
posted by 大野圭一朗 at 02:47| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

Nature ProtocolsにCytoscapeに関する最新版の論文が掲載されました

Nature Protocolsの最新号に、Cytoscapeに関するチュートリアル的な論文が掲載されました。私も少々関わっているのですが、基本的に開発者が書いているので、情報の信頼性は高いです。全くCytoscapeを使ったことの無い方でも、この論文に書いてあるチュートリアルを一通りこなすことにより、基本的な機能をだいたい網羅することが出来ます。

このプロトコールに関する質問などあれば、私までご連絡下さい。

Nature Protocols 2, 2366 - 2382 (2007)
Published online: 27 September 2007 | doi:10.1038/nprot.2007.324

Integration of biological networks and gene expression data using Cytoscape

posted by 大野圭一朗 at 02:35| サンディエゴ ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | ニュース | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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