Cytoscape Info.

と言う訳で、Googleの方から正式発表になりました。

http://socghop.appspot.com/org/home/google/gsoc2009/genmapp

(カッコ内はメンター名）

• Kozo Nishida　Processing-Based New Visualizer for Cytoscape 3　(Keiichiro Ono)
• Chinmoy Bhatiya Phylogenetic tree plugin for Cytoscape (Peng-Liang Wang)
• Xuemin Liu Superpathways in Cytoscape (Thomas Kelder)
• Chetan Bansal Ontologies for Wiki Pathways (Alexander Pico)
• JIANJIONG GAO ID Mapper, Network Merger and Pathway Merger (David States)
• Adem Bilican Biopax plugin(import, layout, export) for PathVisio (martijn van iersel)
• Yan Jie, freddy Chua From Enrichment to Gene Networks (daniele merico)
• Gerardo Huck Cytoscape GPU Assisted Graph Layout Plugin (Daniel Abel)
• Stephen Federowicz CyAnimator: A general purpose animation tool for Cytoscape (Scooter Morris)
• Srinivasarao Vundavalli Integrated data mining in Cytoscape 3.0 (Maital Ashkenazi)

以上の１０名が参加することになりました。今年は初の日本人参加者も居ます。Cytoscape 3をベースに開発を行いますので、安定した機能として皆さんに使っていただけるのはちょっと遅くなるかもしれませんが、Processingをベースにした三次元やアニメーションも含んだ可視化エンジン、CUDAとC言語を使ったレイアウトアルゴリズムの高速化など、面白いプロジェクトが揃ったと思うので、ここでまた進捗状況を報告していきたいと思います。

スケジュール的にはずいぶんと遅れが出てしまっているCytoscape 3ですが、開発は日々続いています。基本的なデザインはずいぶん前に出来上がって、今はそれをひたすら動くようにコーディングしているところです。

今回のバージョンアップは、今までとは全く違うレベルのものです。具体的には、内部的な構造をすっかりデザインし直してあります。そこで、これから暫く、どんなところが変わるのかを少しずつ紹介して行きたいと思います。

主な変更点は以下の通りです：

• OSGiフレームワークをベースにしたシステム全体のプラグイン構造化
  
• 新しいグラフのデータモデル
• レンダリング部分の切り離し
• 複数のレンダリングエンジンのサポート
• スクリプト言語の標準サポート
• コマンドラインやサーバーサイドでの実行のためのモジュール化

各機能の詳細については順次書いていきますので少々お待ち下さい。

Google Summer of Codeに応募してくださった方々、どうもありがとうございました。
採用プロジェクトも決定し、メンターの割り当ても決まりました。

正式な発表は月曜日の正午にGoogleのホームページで行われますので、こちらをご覧下さい。

無事審査を通過して、今年もGoogle Summer of CodeにCytoscape/GenMAPP/Wikipathwaysとして参加することになりました。

http://socghop.appspot.com/org/show/google/gsoc2009/genmapp

我々が考えているアイデアのリストは以下のような感じですが、これに捕われず、色々なアイデアを募集しますので、参加をお考えの方はそろそろ準備を始めてみてください。

https://socrates2.cgl.ucsf.edu/GenMAPP/login/wiki/Google_Summer_of_Code_2009

今年もbiohackathon 2009が開催される事になり、私も参加させていただける事になりました。初日から最後まで参加しますので、参加される方は会場でお会いしましょう。

http://hackathon2.dbcls.jp/attachment/wiki/Poster/biohackatho2009-poster.png

シンポジウムの方はどなたでも参加出来ますので、Web Serviceを使ったライフサイエンス系サービスの連携に興味のある方はぜひどうぞ。

http://hackathon2.dbcls.jp/wiki/Symposium

kozo_niさんによるCytoscape用のJRubyスクリプト機能を使ったサンプル：

http://d.hatena.ne.jp/kozo-ni/20081123#1227450737

KEGG APIを利用してネットワークにアノテーションを追加するスクリプトです。

Cytoscape 3からは、スクリプト機能を標準で搭載したいと思いますので、今後はこういったスクリプトを共有する為に、我々のサイトに投稿出来る仕組みも作成する予定です。

少々遅くなりましたが、Cytoscapeの最新版である2.6.2をリリースしました。特に機能の追加などはないバグフィックス版ですので、全ての利用者の方にアップデートを推奨します。

ダウンロードはこちらからどうぞ。

すっかり更新が滞っていましたが、Cytoscape自体は相変わらず開発が進んでおります。

さて、今年もGoogle Summer of Codeの季節がやって来ました。まだ正式決定ではありませんが、我々もまた参加すべくGoogleの方に書類を提出した所です。

審査を無事通過出来る事を祈りつつ、学生の皆さんでバイオインフォマティクス系の開発に興味のある方は、以下のリストなども参考にして、面白いプロジェクト案を考えてみてください。

http://socrates2.cgl.ucsf.edu/trac/GenMAPP/wiki/Google_Summer_of_Code_2009

非常に遅くなってしまいましたが、奈良先端科学技術大学院大学にて私がCytoscapeについて紹介させてもらった時の動画を、大学院生の西田さんが公開してくれましたので、Cytoscapeが現状ではどんな事が出来るのか一通り眺めてみたい方はご覧ください：

http://video.google.com/videoplay?docid=1484368002227014449

Google Summer of Codeは今年も無事終了し、参加してくれた学生さんの全員が一応の目標を達成する事が出来ました（具体的成果についてはまた後ほど詳しく書かせていただきます）。今回は、先週末にGoogle本社で行われた、オープンソースプロジェクトのメンター（指導者）会議に、私もグループの代表として参加してきました。これは、LinuxやFirefoxといった有名なプロジェクトから、我々のように比較的小規模なプロジェクトまで、世界中のオープンソース開発者が一同に会し、様々なトピックについて自由に意見交換を行うもので、シリコンバレーにあるGoogle本社にて毎年行われています。

基本的にテーマは決まっておらず、参加社が初日に話し合いたいトピックを出し合い、あとは小規模なグループに分かれてディスカッションをする、と言う形式になっています。Googleのエンジニアも幾つか講演者としてセッションを持ち、今年はAndroidチームのRomain Guy氏などがAndroid向けアプリの開発について説明したりしていました。

私は、サイエンティフィック・コンピューティング系の開発者が集まるセッションや、Wiki開発者などによるディスカッション、複数のプログラミング言語を混在させるスタイルの開発に関するセッションなどに参加してきました。ライフサイエンス系のアプリに関わっている人間は殆ど参加していなかったので、割と一般的な話になってしまうのですが、GPUを使った計算、C言語のネイティブコードとその他の言語のより便利な連携など、将来的に使ってみたいネタは幾つか仕入れる事が出来ました。

参加者には、日本人はおろか、アジア人そのものが殆ど居ないと言ったお寒い状況でしたが、数少ない日本人参加者の方ともお話しする事が出来て、来年はもっと日本からの参加者を増やせるように協力できる所は協力して行こう、と言う事になりました。開催時期的な問題や、言葉の問題、メンターの確保など、色々と難しいハードルは多いですが、無事プロジェクトに成功した学生さんをシリコンバレーに連れて行ってあげるなど、色々と参加する方のモチベーションをあげるような事も考えて行きたいと思います。