Cytoscape Info.

Cytoscapeに関連するお知らせや有用なリンクなどを紹介するTwitterアカウントを作成しました。ほかのコア開発者と共有アカウントですので英語ですが、基本的に長い文章では無いので興味のある方はfollowしてみてください。http://twitter.com/cytoscape

来週の月曜日、東大にてCytoscapeのユーザーミーティングを行うことになりました。興味のある方はぜひご参加ください。

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UC, San Diegoの大野と申します。
この度、ナラプロ・テクノロジーズ株式会社様の御厚意により、東大駒場教養キャンパスにてCytoscapeのユーザーミーティングを行うことになりました。Cytoscapeとは、システム生物学分野で広く使われている、ネットワークデータ統合・解析・可視化の為のオープンソースプラットフォームです。
http://www.cytoscape.org/
http://cytoscape.seesaa.net/
私はUCSDにて、このソフトウェアのコア部分を中心に開発しております。今回は、実際にユーザーの方のご意見を伺い、今後の開発にフィードバックさせて行きたいと思っているので、こういったツールに興味のある方、もしくはもう使っていらっしゃって、質問や機能リクエストなどのある方はぜひご参加ください。
日時は8月31日（月）3時〜、場所は東大駒場教養キャンパス（１７号館１F　生命科学ネットワーク）となっております。ご質問等ありましたら、担当のナラプロ・テクノロジーズ櫛田様までご連絡ください：
ナラプロ・テクノロジーズ株式会社
113-0033　東京都文京区本郷2-40-17本郷若井ビル6F-B
Tel: 03-3813-6140
Fax: 03-3813-6150
kushida@nalapro.com
http://www.nalapro.com/
よろしくお願いいたします。
University of California, San Diego
School of Medicine Trey Ideker Lab
Research Associate/Programmer Analyst
Keiichiro Ono
http://chianti.ucsd.edu/~kono/profile/top.html

直前で申し訳ないのですが、今月末に都内で私も参加するCytoscapeのユーザーミーティングのようなものを開催できるように調整中です。８月３１日に行う予定ですので、詳細が決まりましたらまたここでお知らせいたします。

今年のSummer of Codeも無事に終了しました。残念ながら一人ドロップアウトが出てしまいましたが、９人の学生さんが最後までやり遂げました。とは言っても、ここで完結する訳ではなく、今後も引き続き我々のプロジェクトに参加し、更なる改良を加えていく人たちも多いので、時々彼らのサイトなどをチェックしてみてください。ちなみに私が今年担当したプロジェクトは実験性の強いものですので、今後も引き続き改良を加えて、３のリリースと一緒に正式公開されると思います。
http://cg06.naist.jp/gsoc/wiki/WikiStart

と言う訳で、Googleの方から正式発表になりました。

http://socghop.appspot.com/org/home/google/gsoc2009/genmapp

(カッコ内はメンター名）

• Kozo Nishida　Processing-Based New Visualizer for Cytoscape 3　(Keiichiro Ono)
• Chinmoy Bhatiya Phylogenetic tree plugin for Cytoscape (Peng-Liang Wang)
• Xuemin Liu Superpathways in Cytoscape (Thomas Kelder)
• Chetan Bansal Ontologies for Wiki Pathways (Alexander Pico)
• JIANJIONG GAO ID Mapper, Network Merger and Pathway Merger (David States)
• Adem Bilican Biopax plugin(import, layout, export) for PathVisio (martijn van iersel)
• Yan Jie, freddy Chua From Enrichment to Gene Networks (daniele merico)
• Gerardo Huck Cytoscape GPU Assisted Graph Layout Plugin (Daniel Abel)
• Stephen Federowicz CyAnimator: A general purpose animation tool for Cytoscape (Scooter Morris)
• Srinivasarao Vundavalli Integrated data mining in Cytoscape 3.0 (Maital Ashkenazi)

以上の１０名が参加することになりました。今年は初の日本人参加者も居ます。Cytoscape 3をベースに開発を行いますので、安定した機能として皆さんに使っていただけるのはちょっと遅くなるかもしれませんが、Processingをベースにした三次元やアニメーションも含んだ可視化エンジン、CUDAとC言語を使ったレイアウトアルゴリズムの高速化など、面白いプロジェクトが揃ったと思うので、ここでまた進捗状況を報告していきたいと思います。

スケジュール的にはずいぶんと遅れが出てしまっているCytoscape 3ですが、開発は日々続いています。基本的なデザインはずいぶん前に出来上がって、今はそれをひたすら動くようにコーディングしているところです。

今回のバージョンアップは、今までとは全く違うレベルのものです。具体的には、内部的な構造をすっかりデザインし直してあります。そこで、これから暫く、どんなところが変わるのかを少しずつ紹介して行きたいと思います。

主な変更点は以下の通りです：

• OSGiフレームワークをベースにしたシステム全体のプラグイン構造化
  
• 新しいグラフのデータモデル
• レンダリング部分の切り離し
• 複数のレンダリングエンジンのサポート
• スクリプト言語の標準サポート
• コマンドラインやサーバーサイドでの実行のためのモジュール化

各機能の詳細については順次書いていきますので少々お待ち下さい。

Google Summer of Codeに応募してくださった方々、どうもありがとうございました。
採用プロジェクトも決定し、メンターの割り当ても決まりました。

正式な発表は月曜日の正午にGoogleのホームページで行われますので、こちらをご覧下さい。

無事審査を通過して、今年もGoogle Summer of CodeにCytoscape/GenMAPP/Wikipathwaysとして参加することになりました。

http://socghop.appspot.com/org/show/google/gsoc2009/genmapp

我々が考えているアイデアのリストは以下のような感じですが、これに捕われず、色々なアイデアを募集しますので、参加をお考えの方はそろそろ準備を始めてみてください。

https://socrates2.cgl.ucsf.edu/GenMAPP/login/wiki/Google_Summer_of_Code_2009

今年もbiohackathon 2009が開催される事になり、私も参加させていただける事になりました。初日から最後まで参加しますので、参加される方は会場でお会いしましょう。

http://hackathon2.dbcls.jp/attachment/wiki/Poster/biohackatho2009-poster.png

シンポジウムの方はどなたでも参加出来ますので、Web Serviceを使ったライフサイエンス系サービスの連携に興味のある方はぜひどうぞ。

http://hackathon2.dbcls.jp/wiki/Symposium

kozo_niさんによるCytoscape用のJRubyスクリプト機能を使ったサンプル：

http://d.hatena.ne.jp/kozo-ni/20081123#1227450737

KEGG APIを利用してネットワークにアノテーションを追加するスクリプトです。

Cytoscape 3からは、スクリプト機能を標準で搭載したいと思いますので、今後はこういったスクリプトを共有する為に、我々のサイトに投稿出来る仕組みも作成する予定です。